囟门闭合晚可能由多种因素导致，常见的有营养不良、脑积水、佝偻病、甲状腺功能减退症、先天性骨骼发育异常等。
1. 营养不良：当机体缺乏钙、维生素D等重要营养素时，会影响骨骼的正常发育，导致囟门闭合延迟。钙是骨骼的重要组成成分，维生素D能促进肠道对钙的吸收和利用。若摄入不足或吸收不良，骨骼矿化过程会受到阻碍，囟门就难以按时闭合。
2. 脑积水：脑脊液在脑室系统内积聚过多，导致颅内压力升高，会使头颅不断增大，囟门也会随之扩大且闭合延迟。脑积水可能由先天性发育异常、颅内感染、脑出血等原因引起，过多的脑脊液会对脑组织产生压迫，影响脑的正常功能。
3. 佝偻病：主要是由于维生素D缺乏引起的钙磷代谢紊乱，导致骨骼病变。患儿除了囟门闭合晚，还可能出现多汗、夜惊、方颅、鸡胸等症状。维生素D缺乏会影响肠道对钙的吸收，使血钙降低，机体为了维持血钙水平，会动员骨钙释放，从而影响骨骼的正常生长和发育。
4. 甲状腺功能减退症：甲状腺激素对机体的生长发育，尤其是神经系统和骨骼系统的发育起着重要作用。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致生长发育迟缓，囟门闭合延迟。患儿还可能出现智力低下、身材矮小、代谢减慢等症状。
5. 先天性骨骼发育异常：如软骨发育不全、成骨不全等先天性疾病，会影响骨骼的正常生长和结构，导致囟门闭合异常。这些疾病通常具有遗传倾向，会使骨骼的形成和发育过程出现障碍。
囟门闭合晚是一个需要引起重视的问题，可能涉及多种原因。如果发现孩子囟门闭合延迟，应及时带其到正规医院就诊，进行全面的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。早期诊断和干预对于孩子的健康成长至关重要。例如，对于营养不良引起的，可在医生指导下补充钙剂、维生素D等；对于甲状腺功能减退症，需服用左甲状腺素钠等药物进行替代治疗；对于脑积水等情况，可能需要手术等治疗方法。但无论何种治疗，都应严格遵医嘱进行。