脸上长肉疙瘩的原因有多种，常见的有痤疮、扁平疣、皮脂腺囊肿、脂肪瘤、皮肤纤维瘤等。
1. 痤疮：是一种毛囊皮脂腺的慢性炎症性皮肤病。主要与雄激素水平增加、皮脂分泌增加、毛囊皮脂腺开口处过度角化、痤疮丙酸杆菌感染等因素有关。青春期雄激素分泌旺盛，导致皮脂腺增大、皮脂分泌增多，皮脂排出不畅就会形成粉刺，若合并细菌感染，就会出现炎性丘疹、脓疱等，表现为脸上的肉疙瘩。治疗上可使用维A酸乳膏、过氧苯甲酰凝胶、阿达帕林凝胶等药物，需遵医嘱使用。
2. 扁平疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过直接或间接接触传播。当皮肤出现微小破损时，HPV易侵入并感染表皮细胞，导致细胞异常增生和分化，形成扁平隆起的丘疹，表面光滑，呈淡褐色或正常肤色。治疗可选用水杨酸、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等药物。
3. 皮脂腺囊肿：主要由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。其特点为缓慢增长的良性病变，囊内有白色豆渣样分泌物。好发于头面、颈项和胸背部。一般无自觉症状，若继发感染，可出现红肿、疼痛。治疗通常以手术切除为主。
4. 脂肪瘤：是一种由脂肪过度增生积聚形成的常见良性肿瘤，由脂肪组织构成。病因目前尚不明确，可能与遗传和脂肪代谢异常等因素有关。可发生于身体任何有脂肪的部位，颜面部也可出现，表现为单个或多个位于皮下的局限性肿块，质地柔软，可推动。较小的脂肪瘤一般不需要处理，较大或影响美观时可手术切除。
5. 皮肤纤维瘤：是成纤维细胞或组织细胞灶性增生引致的一种真皮内的良性肿瘤。病因不明，可能与蚊虫叮咬、外伤等有关。表现为圆形或椭圆形的坚实结节，表面平滑或粗糙，一般为棕红色、黄褐色或黑褐色。一般不需要治疗，必要时可手术切除。
脸上长肉疙瘩的原因较为复杂，不同原因导致的肉疙瘩在症状、治疗方法上有所差异。当脸上出现肉疙瘩时，应及时就医，明确诊断后采取相应的治疗措施，避免自行挤压或处理，以免加重症状或引起感染等不良后果。