三个月纯母乳喂养宝宝拉肚子，可能由乳糖不耐受、腹部着凉、母亲饮食不当、肠道感染、过敏等因素引起，可通过调整喂养方式、做好保暖、调整母亲饮食、药物治疗、及时就医等方法处理。
1. 乳糖不耐受：宝宝肠道内缺乏乳糖酶，无法完全消化母乳中的乳糖，就会导致拉肚子。可在医生指导下给宝宝添加乳糖酶，帮助消化乳糖。也可考虑更换为低乳糖或无乳糖的配方奶，但不建议轻易放弃母乳喂养。
2. 腹部着凉：宝宝腹部保暖不当，着凉后容易引起肠道蠕动加快，导致拉肚子。要注意给宝宝的腹部做好保暖工作，可适当增添衣物，也可以使用肚兜、腹围等保护腹部。还可以用温热的毛巾或热水袋敷在宝宝腹部，但要注意温度适宜，避免烫伤宝宝。
3. 母亲饮食不当：母亲食用了辛辣、油腻、生冷等刺激性食物，这些食物的成分会通过母乳传递给宝宝，可能引起宝宝拉肚子。母亲要调整饮食结构，保持饮食清淡、营养均衡，避免食用辛辣、油腻、生冷食物，多吃新鲜的蔬菜水果、优质蛋白质等。
4. 肠道感染：病毒、细菌等病原体感染肠道，会引发炎症，导致宝宝拉肚子。如果是病毒感染，一般可自愈，主要是做好护理，防止脱水。如果是细菌感染，需要在医生指导下使用抗生素治疗，如头孢克肟、阿莫西林、阿奇霉素等，但必须严格遵医嘱。同时可使用蒙脱石散止泻，保护肠道黏膜；使用双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、布拉氏酵母菌等益生菌调节肠道菌群。
5. 过敏：宝宝可能对母乳中的某些成分过敏，从而出现拉肚子的症状。这种情况相对较少见，需要医生进行详细的检查和诊断。如果确诊为过敏，可能需要调整母亲的饮食，避免食用可能引起过敏的食物，如牛奶、鸡蛋、海鲜等。
三个月纯母乳喂养宝宝拉肚子的原因多样，处理方法也因原因而异。家长要密切观察宝宝的症状，如拉肚子的频率、大便的性状、宝宝的精神状态、食欲等。如果宝宝拉肚子症状持续不缓解、出现发热、呕吐、精神萎靡等症状，应及时带宝宝到正规医院就诊，以便明确病因，进行针对性治疗。同时，在使用任何药物时，都要严格遵医嘱。