莫沙必利和吗丁啉的效果好坏需综合多方面因素判断，如药物作用机制、适用范围、起效时间、不良反应、药物相互作用等。
1. 药物作用机制：莫沙必利是选择性 5-羟色胺 4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良患者的胃肠道症状。吗丁啉即多潘立酮，是外周多巴胺受体阻滞剂，直接作用于胃肠壁，可增加食管下部括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空。
2. 适用范围：莫沙必利主要用于功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等消化道症状；也可用于胃食管反流性疾病、糖尿病性胃轻瘫及部分胃切除患者的胃功能障碍。吗丁啉适用于由胃排空延缓、胃食管反流、食管炎引起的消化不良症状，如上腹部胀闷感、腹胀、上腹疼痛、嗳气、肠胃胀气、口中带有或不带有反流胃内容物的胃烧灼感；还可治疗功能性、器质性、感染性、饮食性、放射性治疗或化疗所引起的恶心、呕吐。
3. 起效时间：一般来说，吗丁啉起效相对较快，通常在服药后半小时到一小时左右就能看到一定的效果，能快速缓解恶心、呕吐等症状。莫沙必利的起效时间可能相对慢一些，但作用较为持久，对于改善胃肠道动力不足的整体状况有较好的效果。
4. 不良反应：莫沙必利的不良反应相对较少，可能会出现腹泻、腹痛、口干、皮疹及倦怠、头晕等。偶见嗜酸性粒细胞增多、甘油三酯升高及谷草转氨酶（AST）、谷丙转氨酶（ALT）、碱性磷酸酶（AKP）、γ-谷氨酰转肽酶（GGT）升高。吗丁啉可能会导致轻度腹部痉挛、口干、皮疹、头痛、腹泻、神经过敏、倦怠、嗜睡、头晕等。有时血清泌乳素水平会升高、溢乳，男子乳房女性化等，但停药后即可恢复正常。
5. 药物相互作用：莫沙必利与抗胆碱药物（如硫酸阿托品、溴化丁基东莨菪碱等）合用可能会减弱莫沙必利的作用。吗丁啉不宜与唑类抗真菌药如酮康唑、伊曲康唑，大环内酯类抗生素如红霉素，HIV 蛋白酶抑制剂类抗艾滋病药物及奈法唑酮等合用；与对乙酰氨基酚、氨苄西林、左旋多巴、四环素等同用时，会使这些药物的吸收率增加。
莫沙必利和吗丁啉各有其特点和优势，无法简单地评判谁更好。在选择使用时，应根据患者的具体病情、症状特点以及个体差异等因素，在医生的指导下合理选用药物，以达到最佳的治疗效果。同时，无论使用哪种药物，都应严格遵医嘱，密切关注用药后的反应。