电子肛门镜检查体验差异大，与患者的肛门直肠解剖结构、心理状态、疾病状况、医生操作水平、肠道准备情况等因素有关。
1. 肛门直肠解剖结构：每个人的肛门直肠在长度、弯曲度、直径等方面存在差异。部分人肛门直肠较为狭窄、弯曲度大，电子肛门镜进入时会增加难度，对周围组织产生较大刺激，从而导致检查时痛苦感明显；而解剖结构较为理想的人，检查相对顺利，痛苦感就会小很多。
2. 心理状态：在检查前过度紧张、焦虑的患者，会使肛门括约肌处于紧绷状态。这会让电子肛门镜进入时遇到更大阻力，增加不适感和疼痛感；相反，心态放松的患者，肛门括约肌相对松弛，检查过程会更顺畅，痛苦程度也会降低。
3. 疾病状况：患有肛裂、肛周脓肿、痔疮急性发作等疾病的患者，肛门直肠局部本身就处于敏感、炎症状态。电子肛门镜检查时，器械触碰病变部位会引发剧烈疼痛；而没有这些疾病或病情较轻的人，对检查的耐受性相对较好，痛苦感也就没那么强烈。
4. 医生操作水平：经验丰富、操作熟练的医生，能够准确轻柔地将电子肛门镜插入，并且在检查过程中根据患者的反应及时调整操作手法，尽量减少对肛门直肠组织的刺激，使患者的痛苦感减轻；而操作不熟练的医生，可能会出现插入不当、动作粗暴等情况，增加患者的痛苦。
5. 肠道准备情况：如果患者在检查前没有做好充分的肠道准备，肠道内有较多粪便残留，会影响电子肛门镜的视野和操作。医生为了看清内部情况，可能需要更用力地调整镜子位置或进行冲洗等操作，这会给患者带来更多痛苦；而肠道准备良好的患者，检查过程会更顺利，痛苦也会相应减少。
电子肛门镜检查体验的差异受多种因素影响。患者在检查前应尽量放松心情，做好充分的肠道准备，选择正规医院经验丰富的医生进行检查。如果本身存在肛门直肠疾病，应提前告知医生，以便医生采取更合适的检查方法，减轻检查时的痛苦。