三个月宝宝流口水吐泡泡，可能是正常生理现象、吞咽功能不完善、出牙不适、口腔炎症、呼吸道感染等因素导致。
1. 正常生理现象：三个月左右的宝宝唾液腺开始逐渐发育，唾液分泌量增加，但口腔相对较浅，不能及时吞咽过多的唾液，就会出现流口水和吐泡泡的情况。这是正常的生理发展过程，一般随着宝宝长大，这种现象会自然改善。
2. 吞咽功能不完善：三个月宝宝的吞咽功能尚未发育成熟，不能像成人一样灵活地将唾液吞咽下去。过多的唾液积聚在口腔内，就容易流出来，并且在呼吸时可能会形成泡泡吐出。随着宝宝不断成长，吞咽功能会逐渐完善，症状也会缓解。
3. 出牙不适：部分宝宝在三个月左右可能开始有出牙的迹象，出牙时牙龈会有不适、痒痒的感觉，这会刺激唾液分泌增多。宝宝可能会通过流口水和吐泡泡来缓解牙龈的不适感。可以给宝宝准备一些干净的牙胶或磨牙棒，让宝宝啃咬，以减轻出牙不适。
4. 口腔炎症：如果宝宝口腔内有炎症，如口腔溃疡、鹅口疮等，会刺激唾液腺分泌更多的唾液。同时，炎症带来的疼痛也会影响宝宝的吞咽，导致流口水和吐泡泡的症状加重。对于口腔溃疡，可以遵医嘱使用冰硼散、口腔溃疡散、锡类散等药物促进愈合；对于鹅口疮，可遵医嘱使用制霉菌素、氟康唑、伊曲康唑等药物治疗。
5. 呼吸道感染：当宝宝患有呼吸道感染，如支气管炎、肺炎等疾病时，呼吸道会产生较多的分泌物。宝宝可能会通过咳嗽、吐泡泡等方式将分泌物排出，同时也可能伴有发热、咳嗽、呼吸急促等症状。如果怀疑宝宝有呼吸道感染，应及时就医，在医生的指导下使用阿莫西林、头孢克肟、阿奇霉素等药物进行治疗。
三个月宝宝流口水吐泡泡，多数情况下是正常的生理现象，但也可能是疾病因素引起。家长需要仔细观察宝宝的症状，如果除了流口水吐泡泡外，还伴有发热、哭闹不止、食欲减退等异常表现，应及时带宝宝到正规医院就诊，以便明确病因，进行针对性治疗。