阴茎皮上有小疙瘩可能由珍珠状阴茎丘疹、皮脂腺异位症、尖锐湿疣、生殖器疱疹、毛囊炎等因素引起。
1. 珍珠状阴茎丘疹：这是一种常见的良性皮肤病变，主要表现为阴茎冠状沟处环绕排列的小丘疹，颜色多为白色、黄色或淡红色，大小相对一致，一般无自觉症状。其病因可能与局部刺激、生理发育变异等有关，通常不需要特殊治疗，对健康没有影响，若患者有治疗需求，可考虑激光、冷冻等方法去除。
2. 皮脂腺异位症：是皮脂腺发育的生理性变异和皮脂腺增生所致。多在青春期后发生，表现为阴茎皮肤上出现孤立的、针头大小的黄白色小丘疹，一般无明显症状。该病一般不会恶变，也不需要治疗，若影响外观，可采用电凝固、液氮冷冻或激光治疗。
3. 尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。初期表现为单个或多个散在的淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后逐渐增多增大，可呈菜花状、乳头状等。治疗方法包括药物治疗，如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、氟尿嘧啶软膏等；物理治疗，如激光、冷冻、电灼等；还可进行手术切除。
4. 生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。表现为簇集或散在的小水疱，2～4天后破溃形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛，然后结痂自愈。治疗以抗病毒药物为主，如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等，同时要注意保持局部清洁、干燥。
5. 毛囊炎：主要是由于细菌感染毛囊引起的炎症。表现为阴茎皮肤上出现红色充实性丘疹、脓疱，周围有红晕，伴有疼痛或压痛。治疗可外用抗生素药膏，如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏等，严重时可口服抗生素。
阴茎皮上出现小疙瘩的原因多样，不同病因的表现和治疗方法有所不同。如果发现阴茎皮上有小疙瘩，不要惊慌，也不要自行盲目处理，应及时到正规医院就诊，通过专业的检查明确病因，然后在医生的指导下进行针对性的治疗。