功能性消化不良是常见的功能性胃肠病，可服用促胃肠动力药、抑酸药、抗酸药、助消化药、抗抑郁药等进行治疗。
1. 促胃肠动力药：能促进胃肠道蠕动，改善消化不良症状。常用药物有多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等。多潘立酮可增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空；莫沙必利能刺激胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动；伊托必利具有多巴胺D2受体阻滞和乙酰胆碱酯酶抑制的双重作用，通过刺激内源性乙酰胆碱释放并抑制其水解而增强胃和十二指肠运动。
2. 抑酸药：适用于上腹痛综合征为主要症状的患者。常用的有质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑等，它们能特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制壁细胞中的H⁺ - K⁺ - ATP酶的活性，从而有效地抑制胃酸的分泌；还有H₂受体拮抗剂，如西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁等，可竞争性阻断H₂受体而抑制胃酸分泌。
3. 抗酸药：这类药物可以中和胃酸，缓解胃酸过多引起的不适。常用药物有铝碳酸镁、氢氧化铝等。铝碳酸镁能迅速中和胃酸，并保持很长一段时间；氢氧化铝可与胃酸发生中和反应，从而降低胃内酸度。
4. 助消化药：可促进食物消化，改善消化不良症状。常用的有复方消化酶胶囊、米曲菌胰酶片等。复方消化酶胶囊含有胃蛋白酶、木瓜酶、淀粉酶、熊去氧胆酸、纤维素酶、胰蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等，能促进各种植物纤维分解，促进蛋白质、脂肪及碳水化合物的消化吸收；米曲菌胰酶片含有标准的植物性酶和胰酶的化合物，可补充人体所需的消化酶，改善消化功能。
5. 抗抑郁药：对于伴有精神心理障碍的患者，可加用抗抑郁药。如阿米替林、帕罗西汀、氟西汀等。这些药物可以调节患者的情绪，改善精神状态，从而在一定程度上缓解功能性消化不良的症状。
功能性消化不良的药物治疗需根据患者的具体症状和病情选择合适的药物。在用药过程中，一定要严格遵医嘱，切勿自行用药。如果症状持续不缓解或加重，应及时到正规医院的消化内科就诊，以便明确病因，调整治疗方案。