做胃镜能查出幽门螺杆菌，主要可通过快速尿素酶试验、病理检查、细菌培养、聚合酶链反应检测、免疫组织化学染色等方法。
1. 快速尿素酶试验：这是胃镜检查中常用的检测幽门螺杆菌的方法。幽门螺杆菌能够产生尿素酶，该酶可分解尿素。在胃镜检查时取胃黏膜组织，放入含有尿素的试剂中，若存在幽门螺杆菌，其产生的尿素酶会分解尿素，使试剂的pH值发生改变，从而通过颜色变化来判断是否感染幽门螺杆菌。此方法操作简便、快速，费用相对较低，是临床上较为常用的初筛方法。
2. 病理检查：在胃镜检查过程中，取胃黏膜组织进行病理切片，然后通过显微镜观察。可以直接观察到幽门螺杆菌的形态、数量及在胃黏膜中的分布情况。病理检查不仅能明确是否存在幽门螺杆菌感染，还能对胃黏膜的病变程度进行评估，如是否有炎症、萎缩、肠化生等，对于疾病的诊断和治疗方案的制定具有重要意义。
3. 细菌培养：将胃镜下取得的胃黏膜组织进行细菌培养，若培养出幽门螺杆菌，则可确诊感染。细菌培养虽然是诊断幽门螺杆菌感染的“金标准”之一，但操作相对复杂，需要一定的技术和设备条件，培养时间较长，一般需要3 - 7天，且培养的阳性率受多种因素影响，如取材部位、标本运送时间、培养条件等，所以临床上应用相对较少。
4. 聚合酶链反应检测：该方法具有高度的敏感性和特异性，能够检测出极微量的幽门螺杆菌DNA。通过提取胃黏膜组织中的DNA，利用聚合酶链反应技术进行扩增和检测。即使在细菌数量较少或处于休眠状态时，也能检测到幽门螺杆菌的存在。但此方法技术要求较高，费用也相对较贵，一般在科研或特殊情况下使用。
5. 免疫组织化学染色：利用抗原与抗体特异性结合的原理，通过化学反应使标记抗体的显色剂显色来确定组织细胞内抗原（幽门螺杆菌）。这种方法可以直观地观察到幽门螺杆菌在胃黏膜中的定位和分布情况，对于判断感染的程度和范围有一定的帮助，同时也有助于与其他类似细菌进行鉴别诊断。
综上所述，做胃镜可以通过多种方法查出幽门螺杆菌。不同的检测方法各有优缺点，医生会根据患者的具体情况选择合适的检测方法。如果胃镜检查发现幽门螺杆菌感染，应及时就医，在医生的指导下进行规范的治疗，常用的治疗药物有阿莫西林、克拉霉素、奥美拉唑、枸橼酸铋钾等，具体用药需遵医嘱。