咳嗽时小肚子疼，可能是由腹部肌肉拉伤、岔气、胸膜炎、胃肠道疾病、泌尿系统结石等原因引起。
1. 腹部肌肉拉伤：咳嗽动作会使腹部肌肉频繁收缩。如果咳嗽较为剧烈、频繁，可能导致腹部肌肉过度劳累，进而引起拉伤。拉伤后，在咳嗽时腹部肌肉受力，就会产生疼痛感。比如长时间剧烈咳嗽后，腹部肌肉会有明显的酸痛感，活动腹部时疼痛可能会加剧。
2. 岔气：在咳嗽过程中，呼吸节奏可能会被打乱，导致呼吸肌痉挛，也就是常说的岔气。岔气多发生在肋下，有时也会感觉小肚子疼痛。通常是突然发作，疼痛程度不一，可能是刺痛或胀痛，在改变体位或深呼吸时，疼痛可能会有所变化。
3. 胸膜炎：胸膜炎是指胸膜发生炎症。当患有胸膜炎时，咳嗽会刺激胸膜，引起牵涉痛，导致小肚子出现疼痛。胸膜炎的疼痛通常较为尖锐，且可能会随着呼吸或咳嗽加重。患者还可能伴有发热、胸痛、呼吸困难等症状。
4. 胃肠道疾病：如胃溃疡、十二指肠溃疡、肠炎等胃肠道疾病，在咳嗽时，腹部压力增加，会对胃肠道产生一定的刺激，从而引发小肚子疼痛。胃溃疡患者可能在进食后一段时间出现疼痛，而十二指肠溃疡患者多在空腹时疼痛明显。肠炎患者还可能伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。
5. 泌尿系统结石：输尿管结石等泌尿系统结石，在咳嗽时，身体震动可能会使结石位置发生移动，刺激输尿管，引起小肚子疼痛。这种疼痛通常较为剧烈，呈绞痛样，可能还会伴有血尿、尿频、尿急等症状。
咳嗽时小肚子疼的原因较为多样，可能涉及多个系统的疾病。如果这种症状持续不缓解或伴有其他严重不适症状，如发热、呼吸困难、剧烈呕吐等，应及时前往正规医院就诊，进行详细的检查，如腹部超声、胸部X光、血常规等，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。治疗时，针对不同病因可能会使用不同的药物，如肌肉拉伤可使用布洛芬、双氯芬酸钠、阿司匹林等止痛药物；胃肠道疾病可能会用到奥美拉唑、雷尼替丁、铝碳酸镁等药物，但具体用药需遵医嘱。