女上位后小肚子疼，可能由多种因素引起，如肌肉疲劳、盆腔炎症、子宫内膜异位症、黄体破裂、卵巢囊肿扭转等。

1. 肌肉疲劳：性生活过程中，女性采取女上位时，腹部肌肉过度用力或持续紧张，可能导致肌肉疲劳，从而引起小肚子疼痛。这种疼痛通常在休息后会逐渐缓解。

2. 盆腔炎症：如果本身存在盆腔炎，性生活时的刺激可能会加重盆腔的充血和炎症反应，引发小肚子疼痛。同时还可能伴有发热、阴道分泌物增多、异味等症状。

3. 子宫内膜异位症：子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，在性生活时，异位的内膜受到刺激和挤压，会产生疼痛。疼痛多为进行性加重，还可能伴有月经异常、痛经等表现。

4. 黄体破裂：在排卵后形成黄体，性生活时如果动作剧烈，可能导致黄体破裂，引起腹腔内出血，出现小肚子疼痛。这种情况通常疼痛较剧烈，甚至可能导致休克。

5. 卵巢囊肿扭转：卵巢上有囊肿时，性生活中的体位变化和动作可能导致囊肿扭转，引起突发性的小肚子剧痛。

总之，女上位后小肚子疼痛的原因较为复杂。如果疼痛持续不缓解、逐渐加重或伴有其他异常症状，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，如妇科超声、血常规等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。

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