蛋白质三级结构是指整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，其形成和维持涉及多种因素，如疏水作用、氢键、离子键、范德华力和二硫键等。

1. 疏水作用：在蛋白质三级结构中起着重要作用。多数非极性侧链在分子内部，形成疏水核心，这有助于稳定蛋白质的结构。

2. 氢键：存在于多肽链中的某些氨基酸残基之间，对维持蛋白质的三级结构有一定贡献。

3. 离子键：由带相反电荷的侧链基团形成，增强了蛋白质结构的稳定性。

4. 范德华力：虽然相对较弱，但在大量非共价键的共同作用下，对蛋白质三级结构的维持有不可忽视的作用。

5. 二硫键：在某些蛋白质中，两个半胱氨酸残基之间形成的二硫键可以加强蛋白质结构的稳定性。

总之，蛋白质三级结构的形成和稳定是多种作用力协同作用的结果，这些作用力共同保证了蛋白质能够发挥其特定的生物学功能。

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