坐着时上身不由自主晃动，可能由多种因素引起，如不良习惯、神经系统疾病、肌肉疾病、内分泌疾病、精神心理疾病等。

1. 不良习惯：长期保持不正确的坐姿，或者养成了晃动身体的习惯，可能导致在坐着时上身不自觉晃动。这种情况通常通过调整坐姿和改变习惯可以改善。

2. 神经系统疾病：常见的如帕金森病，患者会出现静止性震颤，表现为手部、上肢、下肢或头部的不自主抖动，坐着时上身也可能晃动。另外，特发性震颤也会引起身体的不自主抖动。对于神经系统疾病，需要通过神经系统检查、影像学检查等明确诊断，治疗方法可能包括药物治疗，如普萘洛尔、扑米酮、阿罗洛尔等，以及康复训练。

3. 肌肉疾病：例如重症肌无力、进行性肌营养不良等，肌肉力量的异常可能导致身体晃动。治疗通常需要针对病因，可能使用免疫抑制剂、营养肌肉的药物等。

4. 内分泌疾病：甲状腺功能亢进时，由于甲状腺激素分泌过多，导致代谢亢进和神经兴奋性增高，可能出现身体抖动，包括坐着时上身的晃动。治疗主要是使用抗甲状腺药物，如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等，或者进行放射性碘治疗、手术治疗。

5. 精神心理疾病：焦虑症、强迫症等精神心理疾病患者，可能会出现一些不自觉的动作，包括上身的晃动。治疗方法包括心理治疗，如认知行为疗法、放松训练等，必要时使用抗焦虑、抗抑郁药物，如舍曲林、帕罗西汀等。

总之，坐着时上身不由自主晃动可能是多种原因造成的。如果这种情况频繁出现、持续时间较长或伴有其他不适症状，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。

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