两个瞳孔颜色深浅不一样可能由多种原因引起，如虹膜色素异常、眼部疾病、全身性疾病、遗传因素、药物影响等。

1. 虹膜色素异常：虹膜的色素分布不均可能导致瞳孔颜色深浅不同。这可能是先天性的，也可能是后天因炎症、损伤等因素造成。

2. 眼部疾病：例如虹膜睫状体炎、青光眼等，炎症或眼压的变化可能影响虹膜的色素和结构，进而导致瞳孔颜色差异。

3. 全身性疾病：某些全身性疾病如白化病、神经纤维瘤病等，可能影响眼部的色素沉着，造成瞳孔颜色不一致。

4. 遗传因素：部分人由于遗传基因的作用，天生就可能存在瞳孔颜色的差异。

5. 药物影响：长期使用某些药物，如抗青光眼药物、免疫抑制剂等，可能对虹膜产生影响，导致瞳孔颜色改变。

总之，两个瞳孔颜色深浅不一样可能是多种因素共同作用的结果。如果发现这种情况，应及时到正规医院的眼科进行详细检查，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。

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