男生在性行为时感到疼痛，可能由多种因素引起，如包皮过长或包茎、生殖系统炎症、性经验不足、阴茎损伤、心理因素等。

1. 包皮过长或包茎：包皮过长或包茎可能导致包皮口狭窄，在性行为时阴茎勃起，包皮强行上翻，会引起疼痛。这种情况通常需要进行包皮环切手术来解决。

2. 生殖系统炎症：附睾炎、精囊炎、前列腺炎等炎症，在性兴奋时会引起生殖器官充血，从而导致疼痛。针对炎症，需要根据具体的病原体选择合适的抗生素进行治疗，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星、阿奇霉素等。

3. 性经验不足：初次性行为或性经验较少时，因紧张、焦虑等情绪，导致性器官肌肉过度收缩，也可能产生疼痛。这需要通过增加性知识、放松心态来改善。

4. 阴茎损伤：阴茎受到外力撞击、过度摩擦等损伤，在性行为时会引发疼痛。轻微损伤一般休息后可缓解，严重损伤则需就医治疗。

5. 心理因素：工作压力大、精神紧张、焦虑等心理问题，可能影响性感受，导致疼痛。此时，需要调整心理状态，必要时寻求心理医生的帮助。

总之，男生性行为时疼痛的原因较为复杂。如果疼痛持续或加重，应及时到正规医院就诊，查明原因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中要注意保持生殖器官的清洁卫生，养成良好的生活习惯。

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