三个月婴儿轻微咳嗽可能是粉尘刺激、寒冷刺激、流行性感冒、扁桃体炎、过敏等原因引起的，可到医院通过血常规检查、血生化检查等方法判断，根据检查结果，在医生指导下进行治疗。

1、粉尘刺激：婴幼儿免疫力低下如果室内环境不好，受到粉尘刺激，可能会出现轻微咳嗽，属于正常。需要保持室内空气清新流通，勤开窗通风，定期消毒。

2、寒冷刺激：室内的温度比较低，有可能会受到寒冷刺激，容易产生轻微咳嗽。需要加强保暖，适当喝些温水，有利于恢复。

3、流行性感冒：可能是呼吸道感染病毒引起的，会出现轻微咳嗽、发热、流鼻涕、鼻塞等症状。可根据医生指导使用抗病毒口服液、蒲地蓝消炎口服液等药物治疗，能够达到抗病毒作用。

4、扁桃体炎：可能是细菌感染引起的，可能会导致扁桃体炎症反应，会伴随咳嗽、发热等症状。需要遵医嘱使用罗红霉素颗粒、罗红霉素干混悬剂等药物治疗，可以达到抗菌作用。

5、过敏：三个月婴儿属于过敏性体质，接触过敏原后，可能会导致出现特异性免疫反应，伴随咳嗽、流鼻涕、打喷嚏等症状。可配合医生使用盐酸西替利嗪口服溶液、氯雷他定糖浆等药物治疗，可达到抗过敏作用。

平常做好保暖，根据天气变化及时增加衣服，保持室内湿度和温度良好，避免过冷、过热。

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