巧克力囊肿通常是异位的子宫内膜在卵巢内形成的囊肿，巧克力囊肿是大手术还是小手术取决于自身情况，如果囊肿体积较小，一般是小手术。如果囊肿体积较大，可能是大手术。患者还需前往医院完善检查，由专业医生对自身病情作出评估和诊断，以便选择合适的手术方式。
巧克力囊肿发病原因尚不明确，可能与遗传、内分泌失调等因素有关，可能会导致异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着子宫内膜组织的反复出血，可形成不同大小体积的囊肿。如果患者的囊肿体积较小且未与邻近组织发生粘连，一般配合医生采取腹腔镜手术将其切除，该手术属于小手术，具有操作时间短、速度快等优点。
如果患者的囊肿体积较大，与邻近组织发生粘连的情况，可能会出现盆腔部位疼痛、月经失调、性交痛等病症，随着病情的发展可能会出现囊肿破裂的并发症。此时的病情相对较为严重，需要配合医生进行开放性手术治疗，其手术操作相对较为复杂，通常属于大手术。手术的目的主要是切除囊肿，有助于防止病情进一步发展，能够尽量保留卵巢的正常组织。
无论是哪种手术，患者都要积极配合医生进行治疗。手术之后应注意创伤口的护理，避免引发细菌感染。
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