新生儿淋病奈瑟菌或衣原体眼炎可在医生的指导下使用注射用阿奇霉素、注射用头孢曲松钠、注射用头孢噻肟钠、 注射用盐酸大观霉素、注射用乳糖酸红霉素等药物治疗。可能是因为新生儿的免疫功能低下或者在母体内感染了淋病奈瑟菌、衣原体。
1、注射用阿奇霉素：通常是用于治疗衣原体、金黄色葡萄球菌或者流感嗜血杆菌感染引起的病变，使用药物后可以干扰病原微生物蛋白质的合成，促使体内的病原微生物死亡。
2、注射用头孢曲松钠：药物对淋病奈瑟菌流血、嗜血杆菌感染引起的病变有较好的抗菌作用，能够消除眼睛部位的炎症反应，促使病情恢复。
3、注射用头孢噻肟钠：对大肠埃希菌淋病、奈瑟菌也有较好的抗菌效果，能够致使体内的病原菌死亡，缓解眼睛部位的不适症状。
4、注射用盐酸大观霉素：对淋病奈瑟菌有较强的抗菌活性，抑制细菌蛋白质的合成，防止炎症反应持续加重。
5、注射用乳糖酸红霉素：对于衣原体有较强的抗菌效果，能够阻断转移核糖核酸结合至P位上，促使细菌蛋白质的合成受到一定的抑制，缓解疾病所引起的不适症状。
新生儿发生病变后，应严格在医生的指导下用药，用药期间还要观察临床症状是否得到缓解，如果发现症状持续不能够控制，也应及时告知医生。
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