奥美拉唑是胃肠道疾病的常用药物之一，常与抗生素联合使用的二联和三联用药方案，可用于治疗幽门螺旋杆菌相关的消化性溃疡。奥美拉唑服药时间较长，容易与其他药物相撞，但是其会影响某些药的疗效，不宜一起使用。
1、不宜与氢氯吡格雷合用，奥美拉唑可以使氢氯吡格雷活性代谢物的血药浓度下降，导致血小板聚集抑制率下降。如正在使用氢氯吡格雷的患者必须使用质子泵抑制剂时建议选用泮托拉唑。
2、不宜与铁剂合用，铁剂的吸收依赖于胃酸，奥美拉唑有抑酸作用，会影响铁剂吸收。
3、与硝苯地平合用需谨慎，奥美拉唑可延缓硝苯地平在体内的消除，增强其药理作用。
4、奥美拉唑可影响盐酸麻黄碱在尿中的排泄，增加盐酸麻黄碱的半衰期，延长作用时间，特别是容易出现尿保持碱性数日或更长的情况，患者容易出现麻黄碱中毒的现象。
5、不宜与甲氨蝶呤合用。奥美拉唑通过抑制H+-K+-ATP酶的活性来发挥作用，而甲氨蝶呤在肾脏排泄过程中需要质子。国外临床数据显示：奥美拉唑与甲氨蝶呤合用，尤其是与大剂量甲氨蝶呤合用时可能引起甲氨蝶呤其代谢物羟甲氨蝶呤血清水平升高和清除减慢，可能导致甲氨蝶呤毒性的发生。
6、不宜与伊曲康唑合用，奥美拉唑可以使得伊曲康唑的吸收减少，血药浓度降低。服用伊曲康唑至少2小时后在服用奥美拉唑。
7、不宜与帕罗西汀合用，两药物合用，奥美拉唑血药浓度会增加，从而导致胸闷、心悸、头痛、头晕、内分泌紊乱等症状。两药物合用，建议帕罗西汀减量使用。
8、不宜与长春西汀配伍，奥美拉唑为白色或者类白色疏松块状物或粉末，用专用溶剂稀释后为无色透明溶液，而长春西汀为脑血管扩张药物，两药物先后进行静滴会发现原本澄清的液体会变浑浊，而随着时间的逐渐推移溶液颜色逐渐加深，变色说明两药物溶液混合存在化学反应，这也进一步说明两药物间存在配伍禁忌。
9、不宜与伏立康唑合用，国内学者通过药理学试验分析得出：当两药合用时，奥美拉唑会使体内伏立康唑的最大血药浓度、血药浓度-时间曲线下总面积增加。
