双歧杆菌在人体肠内发酵后可产生乳酸和醋酸，能提高钙、磷、铁的利用率，具有治疗慢性腹泻、治疗便秘、保护肝脏、防治心血管疾病、改善乳糖消化等的作用。婴儿出生后3～4天肠道内即出现双歧杆菌，婴幼儿双歧杆菌数量占约肠内细菌总量的25%。但是随着年龄的增大，体内的双歧杆菌会逐渐减少甚至消失。
当双歧杆菌减少后，体内有害细菌就容易大量繁殖，容易导致疾病的发生，这时候就需要设法增加肠道中双歧杆菌的数量。所以有些疾病发生会时可以用双歧杆菌来治疗。
补充双歧杆菌能控制由有害菌引起的异常发酵，并且刺激肠蠕动，从而减少水分的过度吸收而缓解便秘症状，还可以复活机体免疫功能，有利于调整内分泌——免疫功能恢复，恢复肠道蠕动功能从而缓解便秘等症状。
双歧杆菌在体内能结合黄曲霉素，可以防治癌症的发生。双歧杆菌与烟熏肉或油炸食品诱变原具有高吸附性，从而保护机体细胞免受这些致癌物质损害。双歧杆菌可通过调整肠道正常菌群，抑制肠道许多腐败菌生长，从而减少一些致癌物质产生，从而大大降低了消化道癌症的发生率。双歧杆菌等生理性细菌可通过肿瘤细胞凋亡的表达的相关基因，诱导肿瘤细胞的凋亡而达到抑制肿瘤生长的作用。
双歧杆菌制剂可以抑制肠道产生有害菌，从而对肝脏患者起到良好的治疗作用。有案例证明，双歧杆菌还可以用于治疗肝昏迷，并可以抑制乙肝病毒，促进大、小三阳转阴。
人体血液中胆固醇含量会导致动脉硬化和高血压的发生，双歧杆菌等有益菌可以影响胆固醇的代谢，将其转化为人体不吸收的类固醇，降低血液中胆固醇的浓度，因而对高血压和动脉硬化有一定的防治作用。
有部分人体内缺乏乳糖酶，不能分解牛奶中的乳糖，这些人饮用牛奶后，常常会出现胃肠道紊乱，导致胃肠痉挛、胀气或腹泻，迫使这一人群不能饮用牛奶，从而放弃了牛奶中的其它重要成分，双歧杆菌在乳制品发酵过程中可以产生乳糖酶，帮助患者消化乳糖。乳糖酶缺乏者，饮用经双杆菌发酵的乳制品，就既可以获得牛奶中丰富的营养，又免受胃肠道病痛之苦。
