奥美拉唑主要用于十二指肠溃疡和卓-艾综合征，也可用于胃溃疡和反流性食管炎；静脉注射可用于消化性溃疡急性出血的治疗。但是奥美拉唑与某些药不能配伍。
1、与双歧杆菌活菌合用
奥美拉唑属于抗酸药物，而双歧杆菌活菌胶囊说明书中提到抗酸药与本品合用时可减弱其疗效。
2、与维生素B12合用
有研究报道称服用奧美拉唑20mg/天，饮食中与蛋白质结合的维生素B12的吸收率从31%降至09%；服用奥美拉唑40mg/天，维生素B12吸水率从34%降至0.4%。由此推断出，奥美拉唑可能减少胃肠对饮食中维生素B12的吸收，可能发生血液或神经病变。
3、与甲氨蝶呤合用
奥美拉唑通过抑制H+-K+ATP酶的活性来发挥作用，而甲氨蝶呤在肾脏排泄过程中需要质子。国外临床数据显示：奥美拉唑与甲氨蝶呤合用，尤其是与大剂量甲氨蝶呤合用时可能引起甲氨蝶呤其代谢物羟甲氨蝶呤血清水平升高和清除减慢，可能导致甲氨蝶呤毒性的发生。
4、与华法林钠合用
在临床随即研究中发现，单剂量华法林应用容易忽视PPI对INR值的潜在影响，此外也有实验表明某些患者同服奥美拉唑和华法林钠时可导致出血风险。除此之外，奧美拉唑会抑制CYP2C19酶，会增加华法林钠的血浆浓度，延缓华法林钠在体内的消除。
5、与苯二氮卓类合用
临床试验分析得出结论，奧美拉唑可能通过抑制肝脏细胞色素P450酶而减弱地西泮的代谢。也有报道称奥美拉唑与三唑仑和氟西泮联用，容易发生共济失调现象，这可能是三唑仑和氟西泮的中毒征象。由此看来，奥唑可能升高苯二氮卓类药物的血清浓度及作用，可能出现毒性反应并可以减弱其在的氧化代谢。
6、与地高辛合用
临床数据显示：奧美拉唑和地高辛合用后使得地高辛血药浓度升高10%。可总结为奥美拉唑可降低胃液酸度，可能减少地高辛水解，增加其吸收。胃液pH值<3时，地高辛在胃内水解，导致活性降低或丧失。
7、与卡马西平合用
国外临床试脸研究发现，口服卡马西平的患者，加用奥美拉唑时，卡马西平的药时曲线下面积显著升高，半衰期显著延长清除率显著下降，增强其药理作用，可出现恶心、嗜睡、眼球震颤、共济失调及其他小脑症状等中毒反应特征。
8、与盐酸麻黄碱合用
奧美拉唑可影响盐酸麻黄碱在尿中的排泄，增加盐酸麻黄碱的半衰期，延长作用时间，特别是容易出现尿保持碱性数日或更长的情况，患者容易出现麻黄碱中毒的现象。
