质子泵抑制药在抑制胃酸分泌方面作用极强，常用来治疗消化性溃疡、胃食管反流性疾病、卓艾综合征等。质子泵抑制药短期使用有的人会出现恶心、胀气、腹泻、便秘、上腹痛等不良反应，皮疹、ALT和胆红素升高也有发生，但一般是轻微和短暂的，不会影响治疗，算是相对安全的药物。
在治疗消化性溃疡时有的患者需要短期使用，也有患者需长期坚持用药治疗。对于要长期维持治疗而长期应用质子泵抑制药者，其安全性值得关注。临床报道，有使用该类药物长达10年也无不良事件的案例。长期应用质子泵抑制药以下几个方面的间题值得关注。
1、血浆胃泌素水平增高与肠嗜铬样细胞增生：质子泵抑制药长期抑制胃酸的同时，可以使血浆胃泌素水平持续升高。胃泌素对许多上皮细胞有促进生长的作用，长期可以发展成为类癌。但是目前研究尚无长期应用质子泵抑制药导致肠嗜铬样细胞增生癌变的临床证据。
2、低胃酸与细菌过度生长：长期使用质子泵抑制药具有导致潜在胃内细菌过度生长的可能，后者可以将摄入的硝酸盐还原为亚硝酸盐和亚硝胺，这两种成分与胃癌的发生密切相关。
3、抑制胃酸分泌与营养物质的吸收：长期使用质子泵抑制药可导致营养吸收障碍，特别是维生素B2减少是一个值得关注的问题。
4、长期使用质子泵抑制药与萎缩性胃炎：长期使用质子泵抑制药或H2受体拮抗药，萎缩性胃炎或伴有肠化生的发生率增高。
5、对胃动力的影响：强力抑酸后，可观察到胃的复合运动消失，胃收缩力降低，胃窦张力增加，胃排空延缓。
6、增加患肺炎的危险性：某报道称，一组人使用抑酸药资料中，其中患肺炎人数5551人，发生率2.45%，而对照的不用抑酸药组发生率为0.6%，提示强抑酸有增加患肺炎的危险性。
7、骨质疏松：调查研究显示，15792例50岁以上服用质子泵抑制药患者中，服药5年以上者有62%出现了骨盆、手腕部及脊柱的骨质疏松；服药7年以上者，患骨质疏松的风险增加了4倍。揭示长期服用质子泵抑制药有导致骨质疏松的危险，其机制可能与质子泵抑制药强抑酸后减少了对钙的吸收有关。
