目前已确定了一些发生肛管鳞状上皮内病变的危险因素，其中最重要的因素包括肛管人乳头瘤病毒感染、人乳头瘤病毒存在的数量和类型、高危性行为和人类免疫缺陷病毒感染。
肛门鳞状细胞癌的危险因素有哪些？
一、人乳头瘤病毒感染
肛管和肛周区域人乳头瘤病毒感染可能是潜伏性的、亚临床性的或临床上明显的。在获得人乳头瘤病毒后，潜伏性感染，阶段可能持续8个月或更长时间，某些患者从未出现临床上明显的病变。
二、高危性行为
男性高危性行为与肛管鳞状上皮内病变有关。在18岁至大于50岁之间的所有年龄段的男男性行为者中，肛管人乳头瘤病毒感染的患病率均较高，其范围介于50%-60%。研究表明，人乳头瘤病毒感染是暂时性的，但如果继续存在高危行为，个体仍存在发生新人乳头瘤病毒感染的风险。人乳头瘤病毒患病率并不随年龄的增加而增加，男男性行为者中异常肛管细胞学的存在不随年龄而改变。
在女性中，研究结果截然不同，即未感染人类免疫缺陷病毒的女性的宫颈人乳头瘤病毒初始检出率较高，且较年轻患者的细胞学异常率并不随时间的推移而持续。在女性中，肛管鳞状上皮内病变的危险因素包括：肛交史及存在人乳头瘤病毒 DNA。在人类免疫缺陷病毒感染的女性中，肛管人乳头瘤病毒感染似乎至少与宫颈人乳头瘤病毒感染同样常见。此外，在宫颈细胞学异常的人类免疫缺陷病毒感染女性中，同时存在肛管细胞学异常的风险增加。
三、人类免疫缺陷病毒感染
人类免疫缺陷病毒感染与总人乳头瘤病毒感染的患病率增加有关，其中包括在男男性行为者中最常见的致瘤性人乳头瘤病毒株。人乳头瘤病毒感染和肛管鳞状上皮内病变的患病率增加可能是由多种因素导致的，包括高危性行为及感染多种人乳头瘤病毒类型的可能性较高，以及黏膜免疫应答的损害促进了人乳头瘤病毒的复制。据估计，目前人类免疫缺陷病毒感染男男性行为者的肛管癌的发病率至少是人类免疫缺陷病毒未感染男男性行为者的2倍。
人类免疫缺陷病毒感染也是女性中肛管鳞状上皮内病变的一个危险因素。与未感染人类免疫缺陷病毒的女性相比，人类免疫缺陷病毒感染女性肛管细胞学异常和高级别A宫颈内上皮内瘤变的风险更高。
四、其他危险因素
在男性中，与发生肛管鳞状上皮内病变有关的危险因素包括直肠异常分泌物史、生殖器疣史、注射吸毒及目前吸烟。在女性中，额外的危险因素包括宫颈癌史、外阴癌史、高级别宫颈宫颈内上皮内瘤变或外阴宫颈内上皮内瘤变史，以及医源性免疫抑制。