对男性而言，沙眼衣原体是非淋菌性尿道炎的最常见病因。大部分受感染男性均无症状。症状出现时，其通常包括黏液状或水样尿道分泌物和排尿困难。沙眼衣原体是35岁以下男性急性附睾炎的常见病因，并且也可能是部分慢性前列腺炎病例的病因。
男性衣原体感染的临床综合征有哪些？
一、泌尿生殖器感染
1、尿道炎
沙眼衣原体是男性非淋菌性尿道炎的最常见病因。男性出现症状时，通常表现为黏液状或水样尿道分泌物，并且排尿困难通常是较为突出的主诉。尿道分泌物通常是清澈的，并且通常仅在挤压尿道时才会出现。有时尿道分泌物非常少，以至于患者仅在清晨时注意到内裤被污染。不同患者的潜伏期不尽相同，通常为感染后5-10日。这与淋菌性尿道炎不同，后者产生的分泌物更多且脓性更高，潜伏期也更短。但是这些综合征经常相互重叠，仅通过临床情况无法可靠地区分。
2、附睾炎
除淋病奈瑟菌外，沙眼衣原体也是35岁以下性活跃男性附睾炎的最常见病原体之一。男性急性附睾炎患者通常存在单侧睾丸疼痛和压痛、鞘膜积液以及明显的附睾肿胀。沙眼衣原体感染偶可被误诊为睾丸恶性肿瘤。超声发现包括附睾充血和肿胀，但超声检查正常并不能排除临床附睾炎。无症状尿道炎通常伴有性传播性附睾炎。在这些情况下，尿道分泌物的革兰氏染色和尿显微镜检可发现多形核白细胞。
3、前列腺炎
沙眼衣原体可能是部分慢性前列腺炎病例的病原体，但这种归因主要是依赖推测。一些研究显示，相比于有盆腔疼痛但无前列腺炎症体征的男性，无明确细菌性病因的慢性前列腺炎男性，在尿液或前列腺分泌物中检测到衣原体抗原的情况更为常见。这些男性的症状包括排尿困难、排尿功能障碍、射精疼痛和盆腔疼痛。根据定义，他们前列腺排出的分泌物在显微镜下显示有白细胞数量增加。这些发现与慢性细菌性前列腺炎的发现相似。
二、直肠炎
衣原体直肠炎相对少见，几乎仅出现在作为肛交接受方的男性患者。衣原体直肠炎的临床表现取决于造成感染的衣原体血清型。
绝大多数衣原体直肠炎患者会出现症状，包括肛门直肠疼痛、分泌物、里急后重、直肠出血和便秘，这些症状在病例系列研究中的发生率有较大差异。通常还会出现发热和不适的全身症状。肛门镜检结果没有特异性，但包括黏膜脆性、内部损伤、肿块或息肉以及黏脓性渗出物。这些症状可被误诊为炎症性肠病。如不治疗，血清型直肠感染可导致直肠瘘和直肠狭窄。
三、反应性关节炎
大约1%的尿道炎男性会出现反应性关节炎，而这部分患者有大约三分之一会出现完整的关节炎三联征。沙眼衣原体是最常见的诱发该病的病原体。