胆管癌的诊断方法各异，具体取决于疑似病变的位置以及患者有无原发性硬化性胆管炎病史。远端肝外胆管细胞癌可能会发现胆管直径突然改变。门周部胆管细胞癌表现为肝内胆管扩张而肝外胆管管径正常。肝内胆管细胞癌在影像学中会发现肿块性病变，常位于非硬化性肝脏中。
胆管癌如何根据病变部位来进行诊断？
一、远端肝外胆管细胞癌
如果患者存在远端肝外胆管梗阻证据，那么下一步的评估优选EUS或内镜下逆行胰胆管造影，因为它们能够直接观察异常区域并实现活检，而且内镜下逆行胰胆管造影还有实施治疗干预的可能。
一般优选EUS，因为内镜下逆行胰胆管造影需要向胆管注射造影剂，导致胆管引流功能受损的患者有可能发生上行性胆管炎。然而，接受FNA的患者可能存在恶性肿瘤细胞在活检针道中播散的风险。实施内镜下逆行胰胆管造影时，应该从所有病变或明显狭窄处获得刷片细胞学样本。如果条件允许，也可以考虑实施管内超声检查来协助区分良性狭窄与恶性狭窄。虽然胆管镜尚未普及，但可用其直接观察胆管，并活检不确定的狭窄。
如果内镜图像或组织样本高度提示胆管细胞癌，一般将进行肿瘤分期。若内镜图像和组织样本无诊断意义，一般将实施MRI或多期对比增强MDCT扫描。如果横断面成像检查可见肿块，一般将进行CT或MRI引导下的活检。但和EUS-FNA一样，患者也存在肿瘤细胞在活检针道中播散的风险。如果此举失败或横断面成像未见肿块，则可能需要手术来证实诊断。放射影像学显示的胆管细胞癌可能性高到阴性活检结果可能为假阴性，而且肿瘤有切除可能时，无需活检。
二、门周部胆管细胞癌
对于肝门病变，磁共振胆胰管成像正在逐渐成为首选影像学检查，而有创胆管造影的应用正在减少。肝门肿瘤患者存在内镜下逆行胰胆管造影后发生上行性胆管炎的风险，因为难以实现完全胆汁引流。不能行MRI的患者可采用多期对比增强MDCT扫描，但后者对区域外淋巴结病变的敏感性有限，即至主动脉周围淋巴结、腔静脉周围淋巴结或腹腔动脉淋巴结的转移以及腹膜转移。
如果影像学检查或组织样本高度提示胆管细胞癌，那么一般直接进行肿瘤分期。但诊断仍不明确时，一般会行内镜下逆行胰胆管造影联合刷片细胞学检查。条件允许时，可以实施胆管镜检查来评估胆管。或者在影像学检查发现肿块时实施MRI引导或CT引导的活检，但有恶性肿瘤细胞在活检针道中播散的小风险。如果诊断仍不明确，则可能需要手术来证实诊断。
三、肝内胆管细胞癌
如果怀疑肝内病变，那么下一步应行横断面成像检查，以便区分胆管细胞癌与HCC，前提是尚未发现或怀疑肝外恶性肿瘤，这种情况下应首先排除转移性疾病。如果初始影像学检查无诊断意义，则可以实施其他影像学检查方法。如果诊断仍不确定，则可能需要切除或活检病变。