临床上的病因分为先天性因素和后天性因素两种：
1、先天性因素：
包皮内板与阴茎头表面轻度的上皮粘连被吸收，包皮退缩，阴茎头外露。若粘连未被吸收，就形成了先天性包茎。有些小儿的包皮口非常细小，使包皮不能退缩，妨碍阴茎头甚至整个阴茎的发育，其尿道外口亦常细小，有时包皮口小若针孔，以至发生排尿困难，有包茎的小儿，由于分泌物积留于包皮下，经常刺激黏膜，可造成阴茎头包皮炎。
2、后天性因素：
后天性包茎多继发于阴茎头包皮炎及包皮和阴茎头的损伤，包皮口有瘢痕性挛缩形成，失去皮肤的弹性和扩张能力，包皮不能向上退缩，并常伴有尿道口狭窄，这种包茎不会自愈。若包茎严重，可引起排尿困难甚至尿潴留（尿潴留【译】：膀胱内积有大量尿液而不能排出，称为尿潴留）。包皮垢积累时，可有阴茎头刺痒感。长期慢性刺激，可诱发感染与癌变，白斑病及结石。
日常生活中的不良习惯也可导致包茎疾病的发生：
1、男性包茎与日常不讲究卫生有关
男性不经常清洗外生殖器的话，包皮皮脂腺（皮脂腺【译】：皮脂腺大多位于毛囊和立毛肌之间，为泡状腺，由一个或几个囊状的腺泡与一个共同的短导管构成）的分泌物会积存在包皮下，包皮垢一般会呈现豆腐样，就很容易引起男性包茎。
2、男性包茎与经常手淫还有关
手淫是很多性欲比较旺盛的人的表现，欲望过强会导致性行为比较粗暴，包皮会有不同程度的破损，细菌就会趁此机会污染到包皮的伤口，进而会造成男性包茎。
3、男性包茎还与包皮垢有关
包皮患者即使用手也不能把阴茎头翻露出来，这是因为包皮内堆积了不少的包皮垢，是很难清除的。包茎人群是容易出现包皮炎的，建议患者去做包皮环切术。
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