发酵食品的不同在于它们的优点不同。传统发酵食品以其制作成本低，改善食品的风味营养及有较强的稳定性等优点。现代发酵食品的优点是能最大限度地保持发酵食品的营养成分，不会对发酵食品本身带来不必要的污染。

发酵食品都有制作方式的不同。传统发酵食品的原料来源广泛，人们日常食用的谷类、豆类、蔬菜、乳、肉等食物几乎都可以制作发酵食品。现代发酵食品利用微生物的作用制取的食品。

纳豆和豆瓣酱的原料相同，但是制作工艺不同，生产出完全不同的物质，纳豆主要采用纳豆菌经过高科技分离提取，制成纳豆激酶，用于治疗心脑血管疾病。如果在家自己制作，长期服用，保健作用很不错。