皮肤癣菌病传统上一直按解剖部位命名，如体股癣手足癣等。这种分类法有利于按不同解剖部位的皮肤特点使用不同的药物。皮肤癣菌病有的也按病原菌命名，如黄癣、叠瓦癣、红色毛癣菌病等。

皮肤癣菌侵入头发引起头癣。表现为环形脱发斑，上有鳞屑、水疱或脓疱。有时散在的脱发斑可能是惟一的症状。偶尔表现为大片隆起的化脓性损害称脓癣。头发感染后枯黄或折断。依毛发感染的位置不同可分为发内型感染和发外型感染。发内型感染在病发内形成孢子可充满发内或成链状排列，又称黑癣。若为黄癣，则在发内形成菌丝。羊毛状小孢子菌等在发外形成大量孢子，呈镶嵌状（mosaic）或链状排列，称发外型感染，又称白癣。发外型感染有时可在毛发内尤其是根部发现菌丝。

皮肤癣菌侵犯角质层引起体股癣和手足癣等。在皮屑中表现为分枝分隔的菌丝，可断裂成链状孢子。皮损一般呈圆形或多环形，单个散在或互相融合。组织反应可从红斑、鳞屑到结痂、化脓甚至肉芽肿。主观无感觉或有不同程度瘙痒。

真菌暗色柱顶孢（Scytalidium dimidiatum）及其变异色柱顶孢（S.hylinum）能引起人类掌跖和甲板感染。其临床表现和直接镜检与手足癣和甲癣不能鉴别，故取标本培养时，其中一管不应加放线菌酮以免抑制柱顶孢的生长。皮肤癣菌累及甲板称甲癣。通常表现为甲板增厚、变色及破损。甲周组织一般没有炎症也没有疼痛感。

皮肤癣菌在较少见的情况下会引起深部组织感染。表现为蜂窝织炎、毛囊炎、脓癣、皮下组织脓肿、淋巴结脓肿、Majocchii肉芽肿、足菌肿、疣状增生等。杨国亮曾报道铁锈色小孢子菌引起的深部感染2例。患者头发稀疏。全身见大片鳞屑性损害和皮肤肉芽肿样损害。后者以结节为主，分布广泛。有的穿孔化脓。

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