一、自体免疫：这是因为不明确的因子激活了我们人体的免疫力，使其对抗运动神经元，从而导致运动神经元的死亡，这就属于导致肌肉萎缩的原因之一。
二、遗传因素：造成肌肉萎缩的原因还有就是因为这类疾病的患者占全部运动神经元患者的5-10%。
三、毒性物质：如，铅，锰等一系列诱发肌肉萎缩的原因。其中过多激活性胺基酸和自由基是会刺激到运动神经元导致其死亡。
大家对肌肉萎缩的发病原因有哪些认识呢
1、原发性脊髓前角、脑干颅神经运动核的传导途径的病变会诱发肌肉萎缩。如运动神经元疾病。其中有婴儿进行性的脊髓肌萎缩、少年进行性的球麻痹、家族性的遗传性少年型脊髓肌萎缩症等。
2、中枢神经弥漫性病变的神经元性的肌萎缩，如，海绵状自质脑病，家族性遗传性供给失调，慢性进行性舞蹈病、大脑叶性萎缩等。
3、正确的认识肌肉萎缩出现的原因对患者的治疗和护理非常关键，所以大家一定要正确的认识。有先天发育畸形所导致的一些继发性中枢神经元性肌萎缩，如脊髓积水、脑脊髓膨出、脊管闭合不全、脊髓发育不全、延一脊髓空洞症等。
4、由全身营养障碍、废用、内分泌异常都会出现肌肉变性，肌肉结构异常等原因产生的面部肌肉萎缩，此外，发生肌肉变性，首先损害骨盆带肌群及腰大肌、行走困难、登楼困难、走路摇摆等表现，也有患者仅仅累及股四头肌。
5、还有就是脊髓的病变也会导致肌肉萎缩的出现，如损害，脊髓压迫和急性脊髓前角灰质炎等。
6、遗传、中毒、代谢异常、感染、变态反应等都是导致肌肉萎缩的原因，此种分类临床意义不大，因原因一时难以明确，代谢异常与脑白质疏松的发生关系紧密，而糖代谢异常状况越重，给病人带来的神经病变也会损害到病人的身体健康。
7、脑源性肌萎缩很少见。通常是大脑皮质的萎缩性的病变，特别是儿童时期的大脑半球顶叶的病变，先天性运动区发育强或者是大脑半球深部占位性的病变，炎症等都会出现肌肉萎缩。
