1、神经源性肌萎缩主要是脊髓和下运动员病变引起。见于脊椎椎骨骨质增生、椎间盘病变、脊神经肿瘤、蛛网膜炎、神经炎、神经丛病变、脊神经肿瘤、蛛网膜炎、神经炎（神经炎【译】：是指神经或神经群发炎衰退或变质其症状随病因而有所相同不同一般症状是疼痛触痛刺痛受感染的神经痒痛和丧失知觉感染部分红肿以及严重的痉挛。）、神经丛病变、神经损伤、脊髓空洞症、运动神经元性疾病、格林-巴利综合征、脑部病变和脊髓病变导致的废用性肌萎缩症等。
2、髓的病变也是导致这种疾病发生的原因，如脊髓压迫，产伤，急性脊髓前角灰质炎，带状疱疹性脊髓炎等；一般是在肿瘤，炎症，变性等都会引发受累神经 所支配的肌肉发生，急性，亚急性或者是慢性的失神经支配，发生肌萎缩，周围神经病变的原因是不同的，决定了肌萎缩发病的形式，但是却不能决定它的临床类型。
3、天性发育畸形所导致的继发性中枢神经元性的肌萎缩，如脊髓发育不全，脊髓积水，脑脊髓膨出，脊管闭合不全，延一脊髓空洞症等；脑源性的 肌萎缩是很少见的。一般是发生在大脑皮质的萎缩性病变，尤其是儿童时期的大脑半球顶叶病变，先天性运动区发育强或大脑半球深部占位性病变，炎症等，导致身 体相应部位的肌萎缩；
4、发性脊髓前角或者是脑干颅神经运动核及它传导途径的病变所导致的肌萎缩。如运动神经元疾病，包括婴儿进行性脊髓肌萎缩，少年进行性球麻 痹；并发在中枢神经弥漫性病变的神经元性肌萎缩，如，慢性进行性舞蹈病，海绵状自质脑病，家族性遗传性共济失调，大脑叶性萎缩等，这也是肌肉萎缩的致病因 素。
5、肌源性肌萎缩常见于肌营养不良、营养不良性肌强直症、周期性麻痹、多发性肌炎、外伤如挤压综合征等、缺血性肌病、代谢性肌病、内分泌性肌病、药源性肌病、神经肌肉传递障碍性肌病如重症肌无力等。
6、废用性肌萎缩上运动神经元病变系由肌肉长期不运动引起，全身消耗性疾病如甲状腺功能亢进、恶性肿瘤、自身免疫性疾病等。
7、中毒的因素，兴奋毒性神经递质。经过调查，一些患者转运功能丧失是由于运动皮质内转运体mRNA转录副本异常连接异常所致。
8、遗传的因素，有遗传性的患者有5%-10%，这一般称为家族性肌萎缩性侧索硬化，成年型属常染色体显性遗传，青年型为常染色体显性或隐性遗传，临床上与散发病例难以分别。
9、免疫的因素，尽管MND患者血清曾检出多种抗体和免疫复合物，但尚无证据表明这些抗体可选择性以运动神经元为靶神经因子。现在认为，MND是不属于神经系统自身免疫病的。