灰指甲一般是由皮肤癣菌和非皮肤癣菌等真菌感染引起的甲病变，目前灰指甲病人中60%~90%是由皮肤癣菌感染引起，由皮肤癣菌引起的病人治愈率可达90%。
能引起灰指甲的病原真菌有许多种，其中最常见的有红色毛癣菌（85%）、石膏样毛癣菌、絮状表皮癣菌等。其他如许兰毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌及同心性毛癣菌也可致灰指甲。此外，还有几种真菌常在甲营养不良的情况下引起甲的病变，如白色念珠菌、黄曲霉菌、熏烟色曲菌等。
这些菌就生存在我们身边，如土壤里、浴池及游泳池的地面、动物（常见于猫、狗、猪等〉身上，以及患有皮肤真菌病病人的皮疹内。
灰指甲易复发的几个因素
1、感染：灰指甲治愈，但没有同时治愈手足癣，导致指（趾）再度被感染，是造成甲癣复发的重要因素。
2、巩固：有的患者，在指（趾）甲快完全恢复正常形态时，即以为彻底治愈，便停止了用药，没有巩固用药一段时间，也会产生复发。
3、甲营养不良：因患有其它疾病等原因，引起甲营养不良，使甲板自身防御致病真菌的能力下降，而使灰指（趾）甲复发。
4、外伤：再次外伤引起致病真菌侵入甲板引起复发，这种情况一般较少。
5、化学物质刺激：长期接触汽油、油漆、洗涤剂和强碱性肥皂等物质，改变了正常皮肤甲板表面的酸碱度和防御能力。
四类人最容易招惹灰指甲
1、长期穿高跟鞋或小码的鞋的人：穿上高跟鞋或小码的鞋后，脚部前掌受力增大，五指相互挤压，容易造成局部血液循环不佳、指甲变形及甲剥离。
2、免疫功能低下的人：老年人、孕妇及糖尿病人甲真菌病的发病率高。灰指甲病人大多数先有其他部位的真菌感染，这是致病菌的主要来源。
3、经常做美甲、修甲的人：美甲过程中，使用的很多的化学物质会让指甲愈来愈脆弱，剪、磨等动作都有可能造成甲损伤，造成真菌的间接感染，引起灰指甲。
4、家庭主妇、厨师及某些工人：这类人群长期与水或各种化学物质接触，导致甲板浸渍、腐蚀，改变了甲板表面的酸碱度和防御能力，会使真菌更容易侵入。