阴茎结核主要通过阴茎与结核分枝杆菌直接接触感染，少数为血行感染，严重的尿道结核也可波及阴茎。

主要通过阴茎与结核杆菌直接接触发生感染。统计的65%的原发阴茎结核皆因宗教割礼包皮环切时，用口吸吮阴茎止血所引起，这种方法已弃用。阴茎头与有病变的子宫颈接触，亦可引起阴茎结核。

血行感染则可直接侵犯阴茎海绵体，引起结核性海绵体炎。另一种传染方式为严重的尿道结核发展成尿道周围炎，最后侵及阴茎海绵体及阴茎头。

直接接触感染病变多发生在阴茎头、阴茎系带或外尿道口，最初为结核结节，以后成为溃疡，溃疡境界清楚，周边硬，基底部有干酪样坏死或肉芽组织。

溃疡逐渐扩大可侵及阴茎头全部，腹股沟淋巴结亦常有继发结核性感染。海绵体结核多表现为结节性增生，纤维组织可使阴茎变形弯曲，有时可形成瘘管。

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