由于阴茎结核罕见，故易误诊，应与引起阴茎溃疡的其他疾病如软性下疳，硬性下疳和阴茎阿米巴病相鉴别，对有严重结核的患者，更应提高警惕，阴茎结核的结节与溃疡可能与阴茎癌混淆，确定诊断的方法依靠活检或直接涂片查找结核杆菌及结核菌培养。

阴茎结核诊断鉴别：

1、软下疳。也表现为阴茎头部的浅表性溃疡，病人常有不洁性交史，且溃疡边缘不整齐，周围软，分泌物涂片可见革兰阴性棒状杆菌，而无抗酸杆菌。

2、阴茎梅毒（硬下疳）。也表现为在阴茎头和包皮处的浅表性溃疡，但溃疡的基底部肉芽组织呈紫红色，多有腹股沟淋巴结肿大，分泌物暗视野检查可发现梅毒螺旋体，同时有全身的梅毒改变。

3、阴茎癌。也可表现为阴茎头溃疡，通常可见有肿块，局部坏死，呈菜花样改变，溃疡位于肿块上，边缘不整齐，活组织检查可见癌细胞。

4、阴茎阿米巴病。也可表现为阴茎头溃疡，但溃疡的边缘不整齐，分泌物检查可发现阿米巴滋养体。

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