目前认为，产后甲状腺炎是一种自身免疫性淋巴细胞性甲状腺炎，研究发现妇女亚临床甲状腺炎的发病率（8.5%）与产后甲状腺炎的发病率相似，尸检发现抗甲状腺抗体与甲状腺细胞浸润有关，因此认为产后甲状腺炎是患者原已存在的亚临床甲状腺炎在产后免疫反应再度活跃所致。

妊娠期间，为了使具有不同抗原性的胚胎能够在母体内植入并成活，母体细胞免疫和体液免疫均受抑制，抗体浓度下降甚至消失，母体对胎儿存在免疫耐受。分娩后，机体对于细胞免疫及体液免疫的抑制作用消失，从而出现免疫反应增强，自身抗体水平升高，从而诱使了产后甲状腺炎的发生。包括体液免疫和细胞免疫。

对产后甲状腺炎患者行甲状腺细针穿刺活检可在甲状腺内发现弥漫性和局灶性淋巴细胞浸润，其中辅助性T细胞中的Thl占优势。产后甲状腺炎的发生与产后Thl/Th2细胞免疫平衡偏向于Thl细胞应答有密切关系，在多种Thl型细胞因子的作用下，细胞毒作用引起了靶细胞的破坏。

糖皮质激素不仅是机体应激时必要的内分泌激素，而且具有重要的抗炎和免疫抑制作用，它的分泌受到下丘脑-垂体-肾上腺轴的调控。

另外，妊娠时雌激素的高水平状态可间接起到免疫抑制作用，在分娩后雌激素水平的降低也可引起免疫反应增加。

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