1、一般治疗
（1）大量饮水较小结石有可能受大量尿液的推送、冲洗而排出，尿液增多还有助于感染的控制。
（2）解痉止痛M型胆碱受体阻断剂，可以松弛输尿管平滑肌，缓解痉挛。通常剂量为20mg，肌肉注射黄体酮可以抑制平滑肌的收缩而缓解痉挛，对止痛和排石有一定的疗效；钙离子阻滞剂硝苯地平，对缓解肾绞痛有一定的作用；α受体阻滞剂在缓解输尿管平滑肌痉挛，治疗肾绞痛中具有一定的效果。
（3）控制感染结石引起的尿路梗阻时容易发生感染，感染尿内常形成磷酸镁铵结石，这种恶性循环使病情加重。除积极取出结石解除梗阻外，应使用抗生素控制或预防尿路感染。
2、按不同成分的病因治疗
（1）高钙尿①原发性高钙尿可使用噻嗪类药和枸橼酸钾，吸收性高钙尿除噻嗪类药、枸橼酸钾外，不能耐受该类药物的需用磷酸纤维素钠，有血磷降低者需改用正磷酸盐。②高钙血症积极治疗伴随疾病，当发生高钙血症危象时，需紧急治疗。首先使用生理盐水尽快扩容，使用袢利尿剂呋塞米等增加尿钙排泄；二磷酸盐主要治疗高钙血症药物，可以有效抑制破骨细胞活性，减少骨重吸收。患者有原发性甲状旁腺功能亢进并伴有症状性高钙血症或无症状性肾结石时，首选手术切除甲状旁腺。当患者有症状性或梗阻性肾结石，在无高钙血症危象时，首先处理结石。
（2）肾小管酸中毒主要使用碱性药物减慢结石生长和新发结石形成，纠正代谢失调。
（3）高草酸尿原发性高草酸尿治疗较困难，可试用维生素B6，从小剂量开始，岁效果减退而不断加量，同时大量饮水，限制富含草酸的食物，可使尿液的草酸水平降至正常。
（4）高尿酸尿低嘌呤食物、大量饮水可降低尿内尿酸的浓度。
（5）高胱氨酸尿适当限制蛋白质饮食，使用降低胱氨酸的硫醇类药物加以治疗。
（6）感染石根据患者情况将结石取出，选择适宜的抗生素控制尿路感染。
3、外科治疗
疼痛不能被药物缓解或结石直径较大时，应考虑采取外科治疗措施。其中包括：①体外冲击波碎石治疗。②输尿管内放置支架，还可以配合ESWL治疗。③经输尿管镜碎石取石术。④经皮肾镜碎石术。⑤腹腔镜切开取石术。