一、细菌感染

细菌感染会导致肾组织炎症，如肾组织存在长期慢性炎症，将使肾组织发生持续性破坏，脂质释放，被组织细胞吞噬而形成黄色瘤细胞。

二、尿路梗阻合并感染

泌尿系结石、男性前列腺疾病（如前列腺增生、前列腺肥大）等都可导致尿路梗阻合并感染，导致黄色肉芽肿性肾盂肾炎。

三、脂代谢异常

类脂质胞浆沉积使巨噬细胞逐渐转变成泡沫细胞，成堆的泡沫细胞占据肾间质并激发局部组织的免疫性纤维反应，引起T淋巴细胞及浆细胞的聚集，并分泌有关的生长因子如纤维母细胞生长因子，进而引起肾间质的缓慢纤维化，早期的黄色肉芽肿就初步形成。

四、免疫功能紊乱

大多数黄色肉芽肿性肾盂肾炎患者的免疫功能低下，免疫功能低下将增加细菌感染的机率，诱发此病。

五、创伤后机体的过度反应

有学者认为，肾脏的隐匿性创伤未得到及时的处理很可能是日后感染灶的基础。由于肾的隐匿创伤后局部的炎性物质和代谢产物未能及时吸收，局部肾小管上皮细胞受不断刺激释放过多的类脂质，使单核吞噬细胞趋化、吞噬与增殖。

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