由于宫腔内人工授精需要把精子注入子宫腔，有并发生殖道感染的可能。国外已有宫腔内人工授精合并盆腔感染的报告，但发生率低。另外，由于宫腔内人工授精常采用促排卵治疗，有发生卵巢过度刺激综合征的可能，其中严重过度刺激综合征发生率约为1%，可通过B超监测卵泡发育进行监测。多胎妊娠与流产也是其合并症之一。专家表示，人工授精无论是AID还是AIH，虽然操作并不复杂，但都不是绝对安全的，稍不注意即有引起种种并发症的可能。常见的并发症有：
1、感染
主要与操作人员的无菌观念不强，以及精液中无法保持绝对无菌有关。有因人工授精引起附件炎和盆腔炎的报道。人工授精后应用适当的抗生素有一定预防作用。
2、出血和损伤
主要与操作方法欠当，使用的器械不当（过于简陋）和操作粗暴、不熟练有关。
3、下腹部疼痛
多因精液注入速度过快、压力过多以致发生子宫痉挛性收缩而疼痛。若做子宫腔内授精，如注入的精液过多，精液可经输卵管流入腹腔，引起刺激性下腹痛。
4、诱发子宫内膜异位症
这个比较少见，多因宫腔内授精注入精液过快过多、压力过高所致。
5、潜在的医学伦理学、遗传学危险
在AID中，当一份供精者的精液为两名以上妇女授精后，这些妇女所生的子女从血缘关系上将属于同父异母的兄弟姐妹。由于AID的保密性，这些同父异母的子代是不能也无法相互认识的。他们成年后万一恰巧成婚，即将造成血缘婚姻，可能会产生对下一代的遗传性危害，尽管这种巧合发生的帆会很少。
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