内科治疗包括一般疗法、对症治疗、抗菌（抑菌）治疗以及中药治疗、食饵疗法。
（1）一般治疗：大量饮水，尽可能使每日尿量维持在2000～3000mL以上。在结石多发地区，每日尿量少于1200mL时，结石生长的危险性显著增大，为了保持夜间尿量，睡前饮水，睡眠中起床排尿后再饮水。大量饮水配合利尿解痉药，可促使小的结石排出。稀释尿可能延缓结石增长速度和手术后结石的再发。特别是对于感染性肾结石，多饮水、勤排尿可促进细菌的排出，有利于感染的控制。在肾绞痛时，多饮水有时虽可加剧绞痛，但如配合针灸和解痉药物，可帮助结石排出。
（2）对症治疗：在肾绞痛时，可采用肌肉注射杜冷丁50mg或与异丙嗪25mg并用，症状无好转时，每4小时可注射一次。吗啡10mg和阿托品0.5mg合用也可解痉止痛。针刺疗法强刺激肾俞、京门、三阴交或阿是穴也有解痉止痛的效果。肾区局部热敷可减轻疼痛。恶心呕吐严重时，应静点葡萄糖和生理盐水以补充液体和电解质，酸中毒时，予5%碳酸氢钠。
（3）抗（抑）菌疗法：肾结石直径在0.7～1cm以下，表面光滑，有时用内科治疗有效，目前尚无满意的溶石药物。通常需使用对细菌敏感的药物，其次酸化尿液，可使用氯化铵3～9g/ d，分3次口服，孟德立胺1g，每日4次，既可酸化尿液，又可杀灭或抑制感染细菌，两药常并用。
选用适当的抗菌药，对控制存在的尿路感染、外科取石的术前尿路消毒及术后根治细菌尿、防止结石的重新形成，都有重要意义。引起感染性结石的常见致病菌是奇异变形杆菌，故宜首先选用氨苄青霉素，其次，可选用氨基甙类抗菌药。对顽固的病例，亦可考虑用氨基甙类加四环素类、广谱青霉素类或头孢菌素类。在充分注意到抗菌药毒性的前提下，抗菌药的剂量应尽可能大，这样才能肃清结石内的细菌。若频繁复发或经整个疗程的抗菌治疗仍未能肃清尿中细菌时，宜作一个时期的长疗程法。此外，手术后亦应用6～12个月的抑菌疗法以增加治愈率。
乙酰氧肟酸（AHA）为尿素酶抑制剂，能抑制细菌的尿毒酶分解尿素，因而，可以降低尿氨和重碳酸盐浓度，降低尿pH值，从而防止磷酸铵镁和磷灰石结晶及沉淀。动物模型证实，抑制氨生成时，变形杆菌的毒力大为减弱，尿液酸化，有利于溶解结石或减慢结石的形成。用量一般为0.75g/d，分3次服，结合抗生素可提高疗效，但血肌酐超过265μmol/L（3mg/dl）者禁用。