1，中医辨证治疗：
燥热便秘用大承气汤或小承气汤；食滞便秘用枳实导滞丸加减；气虚津亏便秘用麻仁丸与黄芪汤加减。也可用杭菊花、金银花、蒲公英各10g，每日一剂，开水冲泡。
2，微生态疗法：
便秘患儿的肠道微生态平衡受到破坏，微生态制剂可以分解食物中的乳糖为低分子酸，使大便酸化，大便的渗透压提高，软化大便，还可以加快肠道的蠕动，促进排便。
3，药物治疗：
（1）对结肠无力患儿，选用选择性作用于结肠平滑肌的促动力药，如5-HT4受体激动剂。
（2）严重便秘和有大便失禁者，首先需清除嵌塞的大便。可选用生理盐水或高渗性电解质溶液灌肠。
（3）常用泻剂：容量性泻剂（硫酸镁、硫酸钠等），刺激性泻剂（番泻叶等），粪便软化剂（液体石蜡、乳果糖等），直肠内给药（开塞露等）。应避免长期滥用泻剂导致泻剂性肠病。
4，生物反馈疗法：
是一种纠正不协调排便行为的训练法，有报道其疗效可达96%，具有无药物副作用、成本低、非创伤性等优点。
5，一般治疗：
（1）保持良好的精神及心理状态，解除父母急躁、过分关注等情绪，对儿童的教育包括消除排便训练挫败心理，排除突发事件引起的精神影响。
（2）注意调整饮食结构，多食富含纤维的食物，足量饮水，母乳喂养的婴儿便秘时，可加菜汤、枣汁、橘子汁，清晨可喂适量的蜂蜜水；人工喂养儿可在牛奶中加8%的糖；应及时添加辅食，由细到粗、由少到多；年长儿应鼓励进食纤维素含量高的蔬菜、水果和杂粮，避免偏食挑食。
（3）加强科学的生活管理，养成按时排便的习惯，应从8-12个月开始训练排便习惯，一是定时排便，每天晨起或饭后15分钟为宜；二是限时排便，一般10-15分钟，长期蹲坐可引起脱肛反而加重便秘；三是教育年长儿学会正确的排便用力方法，在排便过程中松弛盆底肌及屏住呼吸，以增加腹压。
6，手术治疗：
对严重慢性便秘经上述治疗无效，严重影响生活质量甚至营养障碍者，可采取手术治疗。必须严格掌握适应症。