阴茎癌的确切病因尚不清楚。目前以包皮过长、包茎、包皮垢学说较为公认。包皮环切术，常与宗教有关，而阴茎癌有包茎而未行包皮环切术者可达25%～75%。在犹太民族中，新生儿即行包皮环切术，阴茎癌极罕见，伊斯兰民族3～5岁行包皮环切术，其阴茎癌发病率明显低于未行包皮环切术的人群。在美国，阴茎癌发病率为1/10万，未行包皮环切术阴茎癌发生的风险为1/600，细菌产物包皮垢长期刺激包皮和阴茎头是阴茎癌发生的最重要的原因。一般统计成年以后行包皮环切术不能预防阴茎癌的发生，因为已受到包皮垢的长期刺激。迄今尚未找到包皮垢是致癌物质的确切根据。有实验证实，将马的包皮垢接种于小鼠皮下而致皮肤癌；人的包皮垢涂于小鼠宫颈及阴道壁，可诱发鼠的宫颈癌，但也有未能诱发成癌的报道。

包皮过长导致的包皮垢是一种化学性致癌物质，不少实验证实，它具有强烈的致癌作用，例如将马的包皮垢接种于小鼠体内，可使之产生皮肤的恶性肿瘤。用人的包皮垢接种给小鼠，也可诱发雌鼠的子宫颈癌。现代医学已经证实，包皮垢的具体危害就有如下一些：直接剌激阴茎头部诱发阴茎癌。导致包皮与阴茎头经常发炎，长期炎症剌激，会造成阴茎局部组织细胞变性恶化。造成一个阴茎头部恶劣的环境，可诱发许多阴茎癌的癌前性病变，例如阴茎角、阴茎乳头状瘤、尖锐湿疣、阴茎白斑、增殖性阴茎红斑症等，此类病变容易转化成阴茎癌。

成人有包皮过长或包茎而不及时采取治疗手段，包皮内皮脂腺产生的包皮垢就很容易积累在一起，形成包皮结石，产生包皮垢，滋生细菌，引发生殖感染，如龟头炎。同时，包皮垢是一种致癌物质，容易导致阴茎癌。临床资料显示，那些不幸得了阴茎癌的患者中，有85%是包皮过长或包茎。