隐匿阴茎尽管其外形酷似包皮过长，然而它们却是两种完整不同的疾病，这是因为隐匿性阴茎的外层皮肤不是过长，而是太短，其阴茎体并不小而是正常的。
一、检查
阴茎分根、体、头三部，由背侧的二个阴茎海绵体和腹侧的一个尿道海绵体构成，阴茎海绵体呈两端尖的圆钝体，两侧的阴茎海绵体在耻骨联合前下方开始合二为一，尿道海绵体为细长圆钝形，其前端称龟头，呈帽状套于两阴茎海绵体之尖端。阴茎海绵体造影：记X片上可见阴茎脚与坐骨下支“分离”，观察有无阴茎静脉系统显影。若阴茎静脉显影，常见的有阴茎背静脉漏型，阴茎脚漏型，海绵体间隔漏型，异位静脉漏型，海绵体型，以及混合型。
二、诊断
根据典型的临床表现：阴茎短小，包皮呈鸟嘴状，耻骨前脂肪堆积，阴茎挤压试验可作出正确诊断。
三、鉴别诊断
主要需与小阴茎，阴茎发育不良，包茎相鉴别，前两者系因内分泌缺陷或染色体异常导致，临床可见阴茎体细小，勃起较少且勃起无力，后者由包皮口狭小致阴茎头不能外露。
其实，他们的阴茎并不小，发育也正常，只是阴茎的大部分隐匿在皮肤或脂肪组织中，以致从外表上看阴茎短小，甚至只看到一些包皮皱褶，尿液也只是从这些皱褶中射出来。这种情况，医学上称为隐匿性阴茎。
在同样长度的阴茎海绵体人群中，胖人外表看上去显得短，而瘦人就显得长。因此，医生总是强调，测量阴茎长度时，必须把尺的—端顶住耻骨，以尽量减少因脂肪层薄厚而引起的误差。这种情况多见于小儿，因为青春期前，阴茎尚未发育，本身比较小，再加上肥胖就显得更小。实际上，这种情况如果表现在小儿身上，也可以不被看着是真正的隐匿性阴茎，待青春期发育后，阴茎往往会随之增大。所以，一般不需要特殊治疗。
另一种情况则不然，是一种真正的隐匿性阴茎。由于腹部皮肤没有紧贴阴茎延伸，而是直接连接至阴茎头的冠状沟部，就好像给阴茎海绵体套上了一个“蝙蛹袖”，以至看不到圆柱状的阴茎，只看到露在皮肤外的阴茎头。这种患者只需要做一次整形手术，把“蝙蝠袖” 改成“紧身袖”，阴茎就显露出来了。