现代药理研究表明，黄连含有小蘖碱、黄连碱、甲黄连碱及棕榈碱等化学成分，具有较强的抗菌作用，同时还有降血压、扩张血管、降血糖、利胆、解热、抗炎、强心、促进组织愈合、利尿、镇痛、镇静、降低眼内压、抗癌等作用。
黄连是以“苦”着称的中药，性寒，味苦，传统上多用于肠胃湿热所致的腹泻、痢疾、呕吐、热盛火炽、烦躁、痈肿疮毒等症。现代药理研究表明，黄连含有小蘖碱、黄连碱、甲黄连碱及棕榈碱等化学成分，具有较强的抗菌作用，同时还有降血压、扩张血管、降血糖、利胆、解热、抗炎、强心、促进组织愈合、利尿、镇痛、镇静、降低眼内压、抗癌等作用。
治疗高血压 每天0.75～4克，分3～4次口服，6～14天为1疗程。黄连中的黄连碱具很广的抗菌谱，能抑制链球菌，又能扩张血管。若用于肾炎高血压及高血压伴心绞痛的患者，能够收到双重效果。
治疗心律失常 每天4次，每次口服0.4克。显效后逐渐减至维持量：若服药5～7天仍无效或未有显效者，则加量至0.5～0.6克，每日4次，2～4周为1个疗程。
治疗2型糖尿病 每日口服黄连素片3次，每次0.3～0.5克。
治疗萎缩性胃炎黄连500克，食醋500毫升（以瓶装醋为优），白糖500克，山楂片1000克，加开水4000毫升，混合浸泡7日便可服用；每日3次，每次50毫升，饭后服。连续服用90～150天见效。
治疗溃疡性结肠炎 其一是将黄连粉在乙状结肠镜窥视下，直接喷到溃疡或病变部位，每次用药1.8～2.4克，隔日1次，9次为1疗程。二是把生黄连粉混于150毫升温水中灌入肠中，隔日灌1次，9次为1疗程。开始使用时偶有痛感，经2～3次后即可消失。
治疗白喉 每次口服黄连粉0.6克，每日4～6次，并配合1%的黄连溶液漱口。用药后体温在1～3天内能恢复正常，假膜平均2.6天消退，咽拭培养平均2.8天转阴。
治疗脚湿气黄连10克打碎，以开水250毫升浸泡，冷却后洗净患脚，亦可用棉签蘸浸泡搽之，每天早晚各1次。如有剧痒，可用棉签浸泡擦洗，但不可用手抓搔。用药期间需保持患处干燥清洁，不可穿胶质鞋。一般5～12天便能痊愈。
治疗麦粒肿 黄连15克打碎，放入瓶内，然后把乳汁挤入，以浸没药物为度，浸泡1天，滤出乳汁，点涂患处，每天3～4次。一般用药后次日红肿渐消，疼痛减轻；3天后红肿全消而痊愈。