阴茎的大小主要是受遗传因素的影响，真性男性阴茎短小症是多见于先天性，少数为后天的。不管是先天的还是后天的，都可以通过日常的锻炼来改善阴茎的软硬度。
先天症的有睾丸发育不全症又称克氏综合症。这类病人，身材高大而阴茎却短小，睾丸小，阴茎虽能勃起，且具有性欲、射精和遗精等正常性功能，但由于睾丸不能产生精子，所以排出的精液中无精子，因而无生育能力。
先天性小睾丸症，阴茎也短小，由于睾丸分泌男性激素不足，因而缺乏性欲和正常性功能，虽然可以使用睾丸酮来治疗，但只能增强性功能，而不能生育。先天性真性男性阴茎短小有的可以通过阴茎延长术来改变。
后天性的阴茎短小，主要因睾丸痿缩引起，如：长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸寒，长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸痿缩。
后天性真性男性阴茎短小症的睾丸分泌雄激素功能正常，性染色体也正常，主要是精子生成障碍而引起不育症，但并不影响生殖器官及第二性征的发育，也不影响正常的性欲和性功能。后天性的真性男性阴茎短小症，经过治疗或避免损伤，睾丸功能的工作，是可能逐步得以恢复的。
锻炼阴茎的方法主要有几种：
第一种，阴茎指压法。无论是在疲软状态，还是在半勃起或充分勃起状态，反复持久地用手指抓捏（做握紧和放松动作）阴茎，可增强阴茎神经和血管等的活力，有效提高性能力。
第二种，利用淋浴“按摩”阴茎。这是最享受的方式。即用喷头将温水淋至阴茎前端和根部（可翻开包皮露出龟头）周围，数十次较强的水压对穴位进行集中热水流按摩，可直接活跃支持勃起的韧带和神经。冷热水交替局部淋浴的锻炼方式效果更佳，但不适用于年老体弱者。
第三种，提肛运动。坚持做提肛运动，可活跃协同阴茎勃起的盆底肌肉和韧带强度，还可以改善会阴部的血液循环。
第四种，性交。这也是男人坚持最久的阴茎锻炼方式。
用前三种方式进行阴茎锻炼最好每日一次，每次持续几分钟至十几分钟。如时间过长，刺激过大，反而会使支持勃起的肌肉和神经都相当疲劳，只能适得其反，甚至造成阴茎损伤。
