口蹄疫的病原体为口蹄疫病毒，属人畜共患病原体。 手足口病是由数种肠道病毒感染所致，各地流行中常见病原是柯萨奇病毒A组16型（即CoxAl6）等。 口蹄疫是通过接触病畜口腔、蹄冠部的溃疡烂瘢，经皮肤黏膜感染的；偶尔也有食用了病毒污染而又未加热（巴氏消毒）的奶感染的。
因此，人患口蹄疫是极为散在发生的。 手足口病是由于接触病人，通过日常生活用品、食具、玩具的污染经口感染的，也可通过呼吸道传播。因此，可出现不同规模的流行。
手足口病是由肠道病毒引起的，可引起手、足、口腔等部位的疱疹，少数患儿可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症。都是需要积极到医院进行治疗为好。手足口病都是不建议吹风的，这样子都是有可能加重病情。
夏秋之交都有发病，9月是高峰期，典型的起病过程是中等热度发热（体温在39℃以下），进而出现咽痛，幼儿表现为流口水、拒食，嗓子里还有一些小水泡，没有并发症的患儿，一周左右即可痊愈。少数患儿有神经系统症状，并发无菌性脑膜炎和皮肤继发感染，极少有后遗症。
有数种病毒可引起手足口病，最常见的是柯萨奇病毒A16型，此外柯萨奇病毒A的其他株或肠道病毒71型也可引起手足口病，柯萨奇病毒是肠道病毒的一种，肠道病毒包括脊髓灰质炎病毒，柯萨奇病毒和埃可病毒，其感染部位是包括口腔在内的整个消化道，通过污染的食物，饮料，水果等经口进入体内，并在肠道增殖。
手足口病和口蹄疫的症状及诊断 口蹄疫、手足口病虽患病部位均在口腔、手指间、足趾端，有相似之处，但症状体征各有不同。口蹄疫起病后主要表现为发热等全身中毒症状和局部疱疹损害两大特征。
手足口病大多无发热或低热，仅有呼吸道感染和口腔黏膜疱疹及手指、足部、臀部、膝部丘疹。 口蹄疫需先有当地牲畜口蹄疫发生或流行，并有与病畜接触机会，或饮用病畜污染而未加热的奶等感染关系。
手足口病，患儿传染性明显，呈流行性传播，且临床表现有区别。口蹄疫、手足口病都可在临床基础上诊断，必要时分离病毒做出病原学确诊。