1、益生菌有缓解乳糖不耐症状，促进机体营养吸收的作用：益生菌有助于营养物质在肠道内的消化。它能分解乳糖成为乳酸，减轻乳糖不耐症。双歧杆菌和乳酸杆菌不仅可以产生各种维生素如维生素B1、B2、B6、B12、烟酸和叶酸等以供机体所需，还能通过抑制某些维生素分解菌来保障维生素的供应。另外，双岐杆菌还可以降低血氨改善肝脏功能。
2、益生菌有整肠作用，调整微生态失调，防治腹泻：益生菌活着进入人体肠道内，通过其生长及各种代谢作用促进肠内细菌群的正常化，抑制肠内腐败物质产生，保持肠道机能的正常。对病毒和细菌性急性肠炎及痢疾，便秘等都有治疗及预防作用。益生菌和很多慢性胃炎，消化道溃疡等消化道疾病有密切的关系。一部分的益生菌能抗胃酸，粘附在胃壁上皮细胞表面，通过其代谢活动抑制幽门螺旋杆菌的生长，预防胃溃疡的发生。
3、益生菌能代谢产物产生生物拮抗，增强人体免疫力：益生菌可产生有机酸、游离脂肪酸、过氧化氢、细菌素抑制其它有害菌的生长；通过“生物夺氧”使需氧型致病菌大幅度下降，益生菌能够定殖于粘膜、皮肤等表面或细胞之间形成生物屏障，这些屏障可以阻止病原微生物的定殖，起着占位、争夺营养、互利共生或拮抗作用。并可以刺激机体的非特异性免疫功能，提高自然杀伤（NK）细胞的活性，增强肠道免疫球蛋白IgA的分泌，改善肠道的屏障功能。
4、益生菌对高血压的效果：乳酸菌产生的某些物质如γ-氨基丁酸（GABA）具有降低血压的功效。还有一部分的益生菌能特异分解乳蛋白（酪蛋白），产生具有抑制引起血压上升的酶（血管紧张素转化酶，ACE）活性的多肽（如VPP和LPP）。常期饮用含有这种活性多肽的酸奶有防止高血压的效果。
5、益生菌有预防阴道感染的作用：不少益生菌有酸化泌尿生殖道的作用。它可以通过降低pH值来抑制有害细菌的生长。还可以通过与有害细菌竞争空间和资源而遏制它们。
