疼痛：
是最常见的症状之一，以下腹及腰骶部疼痛最为明显，常于月经来潮前1—2天开始，经期第一天最严重，以后逐渐减轻。但是随着病期的延长，经期腹痛会更加明显。
不孕：
占子宫内膜异位症的40%-50%。内异症可使盆腔粘连、输卵管坚硬甚至梗阻、激素的代谢功能异常及免疫功能异常，导致孕卵逆行与子宫内膜不同步，或使孕卵本身逆行受阻而发生不孕。
异位妊娠（宫外孕）：
异位的子宫内膜可以引起盆腔粘连，输卵管运行障碍，受精卵只有在局部种植发育，导致异位妊娠的概率增加。
月经失调：
受异位的子宫内膜侵犯，卵巢实质组织被破坏，使激素代谢受影响，出现月经紊乱和经期阴道流血增多，个别还会出现经前期点滴出血。
性交疼痛：
异位的子宫内膜使周围组织肿胀，当性交时由于受阴茎抽动的影响，引起疼痛，以月经前期较为明显。
子宫增大：
子宫内膜可以“移位”到子宫肌壁内，使子宫增大，每当月经来潮时，子宫肌壁间的内膜也受激素的影响，发生出血，引起疼痛，非常痛苦。
卵巢肿瘤：
卵巢是异位的子宫内膜最爱“居住”的场所，每当月经来潮，经血总会在卵巢存留，而且会越存越多，慢慢地包块就不知不觉地形成了，随着月经周期的变化，包块可以时大时小，包块里面存积的血液渐渐增加，由于存积的血液日久变质，红细胞被破坏，故当切开包块时，所见的内容物酷似巧克力，这在医学上称为“巧克力囊肿”。
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