在子宫纵隔的危害中，大家最担心的便是它对孕育的影响，其影响程度取决于子宫纵隔的解剖类型、组织类型，受精卵在子宫内的着床部位以及纵隔血运状况、纵隔内膜组织正常与否等。正常情况下，受精卵移入子宫后，多在子宫侧壁或后壁着床。但对子宫纵隔畸形者，因纵隔为子宫腔内的凸起部分，在受精卵进入宫腔后，易在凸起的纵隔区域内膜上着床。

因子宫纵隔与正常子宫壁组织不同，其结缔组织成份多于平滑肌成份，含有较多的胶原成分，血管又比较少，如果胚胎着床于此，可因为纵隔区血运差，纵隔内膜发育不良，致使种植于该处的胎盘缺血，而影响胎儿正常发育，容易导致胚胎停育萎枯，出现反复流产或胎儿死亡。多数专家认为子宫纵隔比双角子宫与习惯性流产或早产的关系更为密切，其引起流产和早产的相对危险度为5%～95%不等。

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