一、本病的治疗原则是
选用有效药物，根治肠道内阿米巴；纠正水、电解质紊乱；预防并发症，尤其是腹膜炎的发生。
1、一般治疗包括增强体质、减轻症状、补充体液和纠正电解质紊乱等。
2、病原治疗病原治疗大多需要抗组织内与抗肠腔内阿米巴药联合使用，在严重流行区，可间歇性集体服用甲硝唑或二氯尼特（二氯散糠酸酯）。
二、抗组织内阿米巴药
包括甲硝唑、替硝唑、去氢依米丁等。首选甲硝唑，1.0～1.2g/d，分3次餐后服，连服5～10天；儿童50mg/（kg·d），分3次服，连服7天。副作用以胃肠道反应为主，早孕及哺乳期妇女忌用。另外，服该药前后不能饮酒，否则可发生戒酒硫样反应（颜面潮红、脉搏加快、呼吸困难、斑疹、呕吐，继之面色苍白，低血压，严重者发生心律失常、心肌梗死等）。替硝唑剂量成人1～2g/d，儿童30～40mg/（kg·d），晨间顿服，连服5天，该药吸收快，半衰期长，副作用小。
三、抗肠腔内阿米巴药
1、四环素对肠腔肠壁滋养体有效，剂量为500mg，4次/d，连服5天。卤化羟基喹啉类口服效果好，因为肠腔内浓度高，对轻型及无症状排包囊者有效，这类药物包括喹碘方，剂量为500mg，3次/d，连服10天，可加用1%溶液100～150ml保留灌肠；双碘羟基喹啉剂量为600mg，3次/d，连服15～20天，该类药物主要副作用为腹泻，偶见恶心、呕吐、腹部不适，对碘过敏者和有甲状腺疾病者忌用。二氯尼特为新合成的抗阿米巴药物，剂量为500mg，3次/d，连服10天。
2、暴发性阿米巴肠病用甲硝唑或依米丁（吐根碱），再加用广谱抗生素（四环素）；慢性阿米巴痢疾用甲硝唑或替硝唑1或2个疗程，仍未治愈者，可采用其他作用于肠内原虫的药物，如喹碘方等治疗。
四、对症治疗
高热者退热，呼吸衰竭者用中枢性呼吸兴奋剂，如尼可刹米等，同时纠正水及电解质紊乱；肠出血或休克发生时及时输血并加用血管活性药物；有细菌混合感染时，选用适当抗生素治疗等。
五、并发症治疗
1、肠穿孔治疗：发生肠穿孔者时应立即手术探查。小穿孔可予以缝合修补，同时置腹腔引流；多发穿孔或穿孔大，肠壁有大片坏死，估计修补困难时，应考虑作局部结肠切除。吻合有困难时作两断端造口或将穿孔肠段外置，以后再做二期肠吻合手术。病人情况危急，穿孔肠段切除或外置均有困难时，可仅做近侧肠管端式或襻式造口，对穿孔坏死部位置管引流。术后积极治疗阿米巴病及腹膜炎。这类患者术后预后多不良，病死率较高。
2、结肠阿米巴肉芽肿：经药物治疗无效，则需进行手术治疗，其方法是切除肉芽肿肠段，作肠吻合术。
3、阿米巴病阑尾炎：术前很难确诊，一般在手术中发现除阑尾病变外，盲肠壁也增厚，应考虑到结肠阿米巴病的可能，需进行药物治疗。如阑尾切除术后残端愈合不良，形成脓肿，或引流后形成瘘时，应取引流物送病理检查，找到阿米巴原虫即可明确诊断，再用药物治疗后可能会使其愈合。