阿米巴结肠炎具有一定的潜伏期，长短不一，1～2周或数月以上。可因食入的包囊数量、 致病力以及机体抵抗力强弱不同，而出现不同的临床表现。
一、症状体征
1、无症状型主要指那些阿米巴包囊携带者，多因普查发现，这些人由于症状轻微，常为病人所忽略。这些病人为本病重要的传染源
2、阿米巴肠炎和普通肠炎类似，病人可有腹痛、腹泻，粪便不成形或稀便，混有黏液和未消化的食物，臭味较大。
3、阿米巴痢疾症状和细菌性痢疾相似，但中毒症状较轻。病人可发热38℃左右，腹痛， 腹泻，一天数次到10余次。大便呈血性黏液便，或粪便与血分开，有时可完全为血性便。若次数 不多则粪便为暗红色或果酱样，奇臭。
在病人的新鲜粪便中，特别是在血性黏液处仔细寻找阿米巴原虫，一旦找到了活动的吞噬 有红细胞的溶组织阿米巴滋养体，即可确诊。一次未找到，应重复多次检查并争取做细菌及阿米巴培养。镜检时应注意保温，否则阿米巴滋养体不活动，不易和巨噬细胞区别。乙状结肠镜检查对诊断，特别是鉴别诊断很有帮助。急性期可看到其烧瓶样溃疡，溃疡间黏膜正常。慢性期可看到肠黏膜增生肥厚、肉芽肿及息肉等，可在病变处取活体组织送病理检查，进一步确定其性质。
二、典型临床表现
1、急性阿米巴痢疾或肠炎主要症状为腹痛、腹泻、血性粘液便等结肠炎的表现，伴38℃多的发热。大便次数多在每日10次以下。盲肠和升结肠为最主要受侵犯部位。直肠和乙状结肠其次，故腹部压痛往往右侧较左侧更为明显。轻症者大便中有粘液，但无明显血性改变。
2、急性暴发型结肠粘膜大片坏死，又继发细菌感染，引起明显严重的毒血症症状，患者高热，腹痛、腹泻，大便十余次或更多，血水样便。可伴有恶心、呕吐。肠出血及肠穿孔的危险性高。所幸近年来巳很少见。
3、慢性阿米巴结肠炎多表现为慢性肠炎。腹痛、腹泻虽不严重，但迁延不愈，或时好时坏。症状明显时每日3～5次稀便，可有粘液，粪检可找到阿米巴滋养体。无明显腹泻时粪便中可找到阿米巴包囊。在明显的急性发作时，可排出痢疾样大便。