小儿溃疡性结肠炎的主要治疗方法有非手术治疗和手术治疗，具体如下：
一、非手术治疗
1、饮食疗法：急性期纠正水电解质紊乱，改善贫血和低蛋白血症，必要时可给肠道外营养禁食，使肠道休息，症状好转后可给要素饮食。缓解期应进食易消化少纤维富含蛋白质和碳水化合物的饮食。
2、药物治疗：
磺胺类是一般用柳氮磺吡啶（水杨酸偶氮磺胺吡啶，SASP），适用于轻度或中度患者。每天40～60mg/kg，分2～4次口服，最大剂量不超过4g，维持1～2年。对停药后易复发者，可选用小剂量长期维持治疗，如每天2g，用药2周，停药1周，如此交替治疗1～2年。有效率在80%以上。本药不良反应有恶心、呕吐、头痛、白细胞减少、溶血、关节痛、皮疹等。
甲硝唑可抑制肠道厌氧菌，并有免疫抑制、影响白细胞趋化等作用。该药可明显减轻里急后重症状，对有肛周疾病和瘘管的患者疗效明显。用法为每天1.2g，分3～4次口服，疗程3～6个月，病程1年以上者有效率60%～70%。不良反应有恶心、金属味等。
抗生素是有继发感染者可用青霉素、庆大霉素、氨苄西林（氨苄青霉素）、先锋霉素等。给予解痉、止痛、止泻；维持营养，纠正水电解质紊乱，改善贫血和低蛋白血症。必要时可给肠道外营养疗法，使肠道休息，症状好转后可给要素饮食。其他药物，如免疫抑制药硫唑嘌呤、左旋咪唑等，均可与肾上腺皮质激素合并应用，有一定疗效。免疫抑制剂可选用氢化可的松（灌肠或静脉滴注），泼尼松1～2mg/（kg·d）但不能长期应用，症状缓解即逐渐停药。硫嘌呤（6-MP）常与激素合用，可减轻症状。
二、手术治疗
1、长期对症治疗，症状不缓解。严重影响生长发育者。
2、在对症治疗过程中发生了合并证，如结肠狭窄、结肠穿孔、大出血及中毒性巨结肠者须急诊手术。手术方式须根据病儿年龄、病程长短、病变程度、症状轻、重、缓、急来选择不同的手术方式，如结肠次全切除、结肠全切，永久性肠造瘘等。
小儿溃疡性结肠病因不明又无特效治疗方法，病程较长，有多次缓解和复发，故不易彻底治愈。轻型病例经对症治疗后病情可长期缓解，严重者预后较差。